linux - 创建bash脚本以自动化用于分析多个文件的任务

我对脚本没有太多经验。
我有一个目录，其中包含一组需要用程序分析的*.phylip文件。我想自动化这个任务。我认为一个loop bash shell脚本是合适的，尽管我可能错了。
如果我要在一个.phylip文件上手动执行分析，我将在终端中使用以下命令：

./raxmlHPC-SSE3 -m GTRCAT -y -s uce-5.phylip --print-identical-sequences -p 12345 -n uce-5_result

对于bash shell脚本，我认为它接近于：

#!/bin/sh
for i in $( ls ); do
    ./raxmlHPC-SSE3 -m GTRCAT -y -s uce-5.phylip --print-identical-sequences -p 12345 -n test_5 $i
done

我知道但不知道如何解决的问题是-s选项，它指定输入phylip文件。对如何修改脚本来完成我需要的工作有什么建议吗？

最佳答案

请尝试以下代码：

#!/bin/bash
for i in *.phylip
do
    ./raxmlHPC-SSE3 -m GTRCAT -y -s "$i" --print-identical-sequences -p 12345 -n ${i%.phylip}_result
done

-s选项将被传递给$i，该选项的文件名在当前目录中具有.phylip扩展名。
${i%.phylip}_result将.phylip扩展替换为_result，我想这是您所期望的。（参考：Parameter Substitution）