c++ - Rcpp:使用静态库安装软件包，以独立于平台使用

我想在R包中使用libDAI C++库，并想要该包:

可在Linux和Windows上使用

节省磁盘空间(外部库具有〜60 Mb)

最终用户无需安装boost和gmp即可编译

我当前的设置是:

预编译libDAI

将libdai.a复制到lib /

将所有libDAI头文件复制到inst / include

将Makevar添加到src /

修改Makevar文件:

# include libraries
PKG_CPPFLAGS =-I../inst/include/
PKG_LIBS = -Llib -l../lib/libdai.a

我访问libDAI库的脚本是(src /中的test.cpp):

#include <dai/factorgraph.h>
#include <Rcpp.h>
#include <cmath>

using namespace Rcpp;
using namespace std;
using namespace dai;

//'
//' Creates libDAI factor graph object
//'
//' @param factor_graph character definition of the factor graph
//' @export
// [[Rcpp::export]]
void initialize_factor_graph(const char* factor_graph) {

  // read the factor graph from the string
  std::istringstream fgStream(factor_graph);
  FactorGraph net;
  net.ReadFromString( fgStream );

  // Output some information about the factorgraph
  cout << "Factor graph has " << net.nrVars() << " variables" << endl;
  cout << "Factor graph has " << net.nrFactors() << " factors" << endl;

}

运行Rscript -e "Rcpp::compileAttributes('libdai')"，然后运行R CMD INSTALL libdai返回错误:

Error: package or namespace load failed for 'libdai' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object
'/home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so':
  /home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so: undefined symbol: _ZTVN3dai11FactorGraphE
Error: loading failed

所以我的问题是:

我的设置有什么问题？

在CRAN上共享我的最终软件包的最佳过程是什么？

什么是共享软件包的最佳设置？

我的问题与this和this问题以及与引用静态库有关的其他几篇文章密切相关，但是我无法使用这些链接解决问题。

最佳答案

如何与静态库链接

您可以使用-L<directory> -l<name>或<path>，即您的情况

PKG_LIBS = -L../lib -ldai

要么

PKG_LIBS = ../lib/libdai.a

标题位置
libDAI的 header 仅在内部使用。不能链接到这些 header 中声明的功能。因此，我不会将inst/include用于这些 header 。

对CRAN的依赖

gmp库似乎在CRAN构建器上可用，请参见c.f。 https://github.com/cran/gmp和https://cran.r-project.org/package=gmp。看来libDAI需要链接到boost(程序选项)，参见c.f。 https://bitbucket.org/jorism/libdai/src/83bd24a4c5bf17b0592a7b5b21e26bf052881833/Makefile.LINUX?at=master&fileviewer=file-view-default#Makefile.LINUX-49。但是，从实际的Makefile看，这似乎仅用于测试和实用程序。因此，您可能会摆脱BH软件包提供的boost接头。

预先构建静态库

这是Windows(c.f. https://github.com/rwinlib)上的一种常见方法，但是我发现它对于Linux不常见。较常见的方法是:

将软件包中的源代码包括在内，并在配置或软件包安装期间进行编译。

下载源文件并在配置

期间进行编译

与系统库的链接(尽管我没有看到libDAI的任何链接)。

对于这三种方法，在CRAN和GitHub上都有大量示例。但是，很难提出建议。我可能会选择“在包中包含源代码”，并使用上游提供的Makefile作为构建库的起点。