python - 如何在Snakemake的anaconda环境中引用可执行文件

我正在使用vcf2maf注释变量，作为snakemake管道的一部分

rule vcf2maf:
    input:
        vcf="vcfs/{sample}.vcf",
        fasta=vep_fasta,
        vep_dir=vep_dir
    output:
        "mafs/{sample}.maf"
    conda:
        "../envs/annotation.yml"
    shell:
        """
        vcf2maf.pl --input-vcf {input.vcf} --output-maf {output} \
            --tumor-id {wildcards.sample}.tumor \
            --normal-id {wildcards.sample}.normal \
            --ref-fasta {input.fasta} --filter-vcf 0 \
            --vep-data {input.vep_dir} --vep-path [need path]

        """

conda环境具有两个软件包：vcf2maf和vep。 vcf2maf需要vep的路径才能正常运行，但是我不确定如何访问vep的路径，因为它存储在conda环境中，该环境将具有用户特定的绝对路径。有没有一种简单的方法来获取vep的路径，以便我可以在--vep-path中引用它？

最佳答案

您可以使用unix which命令，例如：

veppath=`which vep`
vcf2maf.pl --vep-path $veppath ...

[vep路径]存储在conda环境中，它将具有用户特定的绝对路径


变量CONDA_PREFIX包含当前conda环境的路径。因此您还可以执行以下操作：

vcf2maf.pl --vep-path $CONDA_PREFIX/bin/vep ...