java - MATLAB + JNI =错误？

有人在使用使用JNI的JAR文件中使用MATLAB的javaObject()函数吗？

我正在尝试使JHDF5运行，当它尝试使用jhdf5.dll进行访问时似乎炸弹，所以我真的不知道下一步该怎么做。 :(

编辑：我不试图读取基本的HDF5文件。我有自己的自定义Java代码，该代码可对HDF5执行某些操作，并且需要JHDF5库。另外，我的第一个问题是，是否有人成功使用过它。如果不是这样的话，我可能正在打一场失败的战斗。如果是这样，那么至少它给了我希望。我将尝试调试，与在Eclipse下调试常规Java代码相比，这非常困难。

更新：好的，详细信息如下。我做了一个很短的测试课，它的失败模式与我的复杂程序相同。看来我的Java类由于某种原因无法访问HDF5静态常量。

我的MATLAB javaclasspath设置为将我的test-hdf5.jar包含在Test1.java中（如下），并将文件jhdf5.jar，jhdf5.dll，jhdf5obj.jar和jhdfobj.jar包含在同一目录中。

源文件Test1.java：

package com.example.test.hdf5;

import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;
import ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants;
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5LibraryException;
import ncsa.hdf.object.FileFormat;
import ncsa.hdf.object.h5.H5File;

public class Test1 {
    public Test1 () {}

    public static void main(String args[])
    {
        Test1 test = new Test1();
        if (args.length < 2)
        {

        }
        else if ("h5file".equals(args[0]))
        {
            test.testH5File(args[1]);
        }
        else if ("h5f".equals(args[0]))
        {
            test.testH5F(args[1]);
        }
    }


    public void testH5File(String filename) {
        H5File file;
        try
        {
            file = (H5File) new H5File().createFile(
                    filename, FileFormat.FILE_CREATE_OPEN);
            file.close();
        }
        catch (Exception e)
        {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }

    public void testH5F(String filename) {
        try {
            int id = H5.H5Fopen(filename,
                    HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
            H5.H5Fclose(id);
        }
        catch (HDF5LibraryException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
        catch (NullPointerException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }
}

MATLAB错误：

>> T=javaObject('com.example.test.hdf5.Test1')

T =

com.example.test.hdf5.Test1@c9a375

>> T.testH5F('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
java.lang.UnsatisfiedLinkError: no jhdf5 in java.library.path
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(Unknown Source)
    at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Unknown Source)
    at java.lang.System.loadLibrary(Unknown Source)
    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:276)
    at ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants.<clinit>(HDF5Constants.java:494)
    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)
Jul 23, 2009 10:38:16 AM ncsa.hdf.hdf5lib.H5 <clinit>

INFO: HDF5 library: jhdf5 resolved to: jhdf5.dll;  NOT successfully loaded from java.library.path

??? Java exception occurred:
java.lang.UnsatisfiedLinkError: ncsa.hdf.hdf5lib.H5.H5dont_atexit()I

    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.H5dont_atexit(Native Method)

    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:288)

    at ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants.<clinit>(HDF5Constants.java:494)

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)


>> T.testH5F('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
??? Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)


>> T.testH5File('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
??? Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants

    at ncsa.hdf.object.h5.H5File.<init>(H5File.java:167)

    at ncsa.hdf.object.h5.H5File.<init>(H5File.java:106)

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5File(Test1.java:34)

万一重要，这是我正在使用的ant构建文件。 JHDF5 .jar文件和.dll在我的lib目录中；它们被复制到创建我自己的.jar文件的dist目录中。

<?xml version="1.0"?>
<project default="all" name="test-hdf5">
  <description>some libraries to use later</description>

  <property name="srcDir" location="src"/>
  <property name="buildDir" location="bin"/>
  <property name="distDir" location="dist"/>
  <property name="libDir" location="lib"/>

  <target name="init">
    <tstamp/>
    <mkdir dir="${buildDir}"/>
    <mkdir dir="${distDir}"/>
  </target>
      <path id="antclasspath">
        <fileset dir="${libDir}">
            <include name="*.jar"/>
        </fileset>
    </path>

    <target name="compile" depends="init">
        <javac srcdir="${srcDir}"
               destdir="${buildDir}"
               debug="on"
               target="1.6"
               classpathref="antclasspath"
        />
      </target>

  <target name="dist" depends="compile">
    <copy todir="${buildDir}">
        <fileset dir="${srcDir}">
            <include name="*.properties" />
        </fileset>
    </copy>
    <copy todir="${distDir}">
       <fileset dir="${libDir}">
           <include name="*.dll" />
           <include name="*.jar" />
       </fileset>
    </copy>
    <jar destfile="${distDir}/test-hdf5.jar" basedir="${buildDir}"
        includes="**">
      <manifest>
        <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
        <attribute name="Main-Class" value="com.example.test.hdf5.Test1" />
        <attribute name="Class-Path" value=". ./jhdf5.jar ./jhdfobj.jar ./jdhf5obj.jar" />
      </manifest>
    </jar>
  </target>

  <target name="all" depends="dist" />

  <target name="clean" >
    <delete dir="${buildDir}" />
  </target>
</project>

最佳答案

JHDF5在Java端使用一些愚蠢的搜索逻辑来加载dll。它可以正常工作，除非不能正常工作。与许多HDF5细节一样，底层逻辑也没有记录。

我这样做了：取了JHDF5 Java源代码，删除了试图加载jhdf5.dll的愚蠢的AI（它位于ncsa / hdf / hdf5lib / H5.java文件中，大约在230-290行中的static部分），并替换了它带有一个显式的System.load("full/path/to/the/jhdf5.dll");语句。然后重新编译jhdf5.jar。也许不漂亮，但是效果很好。

此外，查看源代码，似乎如果设置名为H5_LIBRARY_NAME_PROPERTY_KEY的系统属性以指向dll，则可能会加载它。您可以通过使用-D开关启动jvm来设置系统属性，例如：

java -DH5_LIBRARY_NAME_PROPERTY_KEY=path/to/the/jhdf5.dll -jar yourapp.jar

不过没有尝试。