我正在尝试将Slidebook v4.2中的.spl文件导入Matlab，但是遇到了问题。
我从here下载了函数和loci_tools.jar。我用它们来导入一个有小问题的文件（它使Z平面和时间点向后，以及使用错误的获取通道将某些文件错误命名），但是我找出了问题的模式并且能够解决他们。
然后，我尝试导入另一个文件，但出现了我无法解决的错误。任何想法将不胜感激。我是在Matlab中使用Java和Java的新手。这是我得到的错误：
I = bfopen(‘filename.spl’);
Finding offsets to pixel data
Determining dimensions
Reading series #1
.Error using loci.formats.ChannelSeparator/openBytes
Java exception occurred:
java.lang.IllegalArgumentException: Negative position
at sun.nio.ch.FileChannelImpl.read(FileChannelImpl.java:600)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocateDirect(NIOByteBufferProvider.java:133)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocate(NIOByteBufferProvider.java:118)
at loci.common.NIOFileHandle.buffer(NIOFileHandle.java:532)
at loci.common.NIOFileHandle.seek(NIOFileHandle.java:254)
at loci.common.RandomAccessInputStream.seek(RandomAccessInputStream.java:140)
at loci.formats.in.SlidebookReader.openBytes(SlidebookReader.java:130)
at loci.formats.ImageReader.openBytes(ImageReader.java:414)
at loci.formats.ChannelFiller.openBytes(ChannelFiller.java:197)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:226)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:159)
Error in bfGetPlane (line 75)
plane = r.openBytes(iPlane - 1, ip.Results.x - 1, ip.Results.y - 1, ...
Error in bfopen (line 144)
arr = bfGetPlane(r, i, varargin{:});
最佳答案
请尝试使用最新版本的Bio-Formats5。您可以通过enabling the Bio-Formats 5 update site在斐济轻松使用它，也可以使用Jenkins的latest loci_tools.jar在MATLAB中轻松使用它。
如果仍然出现错误，请随时report a bug。也就是说，推荐的方法是将数据从Slidebook软件导出到OME-TIFF format。
不幸的是，尽管3i Slidebook颇受欢迎，但它可能是我们尝试以Bio-Formats支持的最神秘，最困难的格式。我们已经多次与Slidebook开发人员会面，讨论如何最好地解决该问题。但是SLD格式从未打算供公众使用，并且随着Slidebook软件的每次迭代都在不断发展。因此，我们确定的折中方案是Slidebook软件支持将其可靠导出为OME-TIFF格式，该格式可保留与显微镜相关的丰富元数据。从Bio-Formats 3i Slidebook page：
我们强烈建议用户使用SlideBook软件将其.sld文件导出到OME-TIFF。生物格式不太可能支持.sld文件中包含的全部元数据，因此从SlideBook导出到OME-TIFF是确保保留所有元数据的最佳方法。
我知道这并不完全令人满意，但不太可能很快改变。也许如果许多客户表示强烈希望Slidebook团队使SLD格式在Bio-Formats中更好地工作，他们会采取一些步骤来重新制作该格式...
另请参阅：Bio-Formats FAQ: Why do my Slidebook files take a long time to open?