Rcartogram

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r - 安装Rcartogram程序包-错误消息

我正在尝试建立像here的制图

从链接安装不起作用:

`install.packages('Rcartogram', repos = 'http://www.omegahat.org/R', type = 'source')`
Installing package into ‘C:/Users/Milena/Documents/R/win-library/3.2’
(as `lib` is unspecified)

Warning in install.packages :
  package ‘Rcartogram’ is not available (for R version 3.2.0)

都不来自zip文件:



我怎么解决这个问题？

我正在 Windows 机器上工作。

感谢所有花时间查找此问题的人。

这是我的sessionInfo:
R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 8 x64 (build 9200)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252    LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] fftw_1.0-3

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.0

最佳答案

在Windows上安装Rcartogram

Rcartogram是一个R包(由Duncan Temple Lang提供)，其主要目的是为某些C代码(由Mark Newman编写)提供R包装器，该代码实际上完成了构造 map (又称对 map 进行变形)的工作。马克· Newman (Mark Newman)编写的C代码使用FFTW(西方最快的傅立叶变换)编译库。

Truc Viet Le在您的问题中的链接描述了如何在Unix系统上安装Rcartogram。将Rcartogram放入Windows系统还涉及一些额外的技巧和陷阱，即使从本质上讲，它几乎是相同的过程。

要在Windows系统上安装Rcartogram，您首先需要安装所有先决条件，即:

  • Rtools程序套件(您需要能够将任何涉及C代码的R软件包安装到Windows机器上)，以及
  • FFTW库(Rcartogram代码使用)。

    • 然后，您需要在首次安装Rcartogram时告诉R在哪里可以找到FFTW库，并且几乎可以肯定的是，每当您加载Rcartogram时(例如通过R session 中的library(Rcartogram))，都需要让R知道在哪里可以找到FFTW库。

    我发现我还需要对Rcartogram R代码进行一些非常小的更改(自编写以来，主要是为了使其与R语法的更改保持一致)，以使其能够愉快地安装并在Windows上正确运行。

    因此，完整的答案涉及几个步骤。

    步骤1:安装Rtools套件

    我怀疑您需要安装Rtools才能摆脱状态127错误。有关如何执行此操作的官方说明，请参见http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#The-Windows-toolset。关于如何将Rtools安装到Web上其他地方的W​​indows系统中的用户友好说明，请参见https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Install-Rtools-for-Windows。 (官方说明还告诉您如何安装许多其他内容，如果您想在Windows上从源代码构建R本身，或者使用LaTeX生成软件包文档，则需要这些内容，但是您不需要所有这些东西来获取Rcartogram在职的)。

    答案更长一点:
    现在，我可以从PATH中删除对Rtools所在目录的引用，从而复制status 127 error。当我这样做时，Windows cmd shell(您可能在其中键入R CMD INSTALL …的位置找不到Rtools可执行文件，并导致127错误消息。同样，尝试从R内部运行install.packages()也会以相同的方式失败，因为在后台install.packages调用Windows cmd shell 。

    为什么需要Rtools？ Rcartogram是一个包含C代码以及纯R代码的程序包。实际上，它主要是C语言代码–来自Mark Newman。从源代码安装包含C代码的程序包需要使用C编译器。实际上，最好(几乎是必不可少的)是它本身是从R生成的相同的C编译器。那就是Rtools最主要的东西–可在Windows版本的C编译器上安装。在Windows中运行C编译器还需要一些额外的Shell命令(又称小程序)，而其余的Rtools正是这些命令。大多数(开源)C社区似乎都在Unix(或其变体)世界中工作，那些额外的命令(实际上是C编译器本身)是Unix中“标准”系统的一部分。只有在Windows中工作的我们这些人需要安装Rtools，这是从Unix到Windows的必要工具的移植。

    第2步:安装FFTW库

    最初，我从这里http://www.fftw.org/获得了FFTW库。

    有两个版本，一个32位版本和一个64位版本。在Windows 64位计算机上，您都需要和两个版本。 (此外，也许可以通过安装Rcartogram时设置标志来摆脱一种方法，但是我自己还没有测试过该方法)。将32位版本解压缩到子目录/i386中，将64位版本解压缩到子目录/x64中。就我而言(参见下文)，我将它们作为“C:/msys/fftwtest”的子目录。 (在这些子目录旁边是R使用的约定-从理论上讲，您可以将它们放在其他位置，但是为什么要加倍复杂!)。

    使我困扰了很长时间的一个陷阱是这些库是动态库(即.dll)，因此-以后-我需要确保在将它们安装到PC上时将它们放在我的位置上PATH(或者通过添加位置-aka目录-安装它们的位置来更改PATH)，因为否则在R完成安装软件包之前的最后检查中，我会收到非常无用的错误消息。 32位和64位(子)目录都应包含在PATH中。

    步骤3:告诉R在哪里可以找到FFTW库

    告诉R(在Windows计算机上)在尝试安装Rcartogram时在何处查找FFTW库的技巧是将src/Makevars.win文件添加到Rcartogram程序包的src子目录中。这意味着您必须先解压缩Rcartogram的tar.gz文件，然后才能进行此更改。 (此外:我使用7zip在我的计算机上解压缩这些类型的文件)。

    我的src/Makevars.win文件(它是一个文本文件)有2行，
    PKG_CPPFLAGS=-I"C:\msys\fftwtest\x64\include"   -DNOPROGRESS
PKG_LIBS=-L"C:\msys\fftwtest\x64\lib" -L"C:\msys\fftwtest\i386\lib" -lfftw3 -lm

    用引号将文件名放在我的FFTW库版本中。 (这些并不是我下载的文件，在我学习如何从源代码编译FFTW的过程中，并制作了自己的副本，但是解释如何做到这一点是一个很长的故事，因此在这里我将不再尝试。)

    PKG_CPPFLAGS行中提到的目录是包含C预处理器所需的名为 fftw3.h 的头文件的目录。指向32位(\i386子目录)还是指向64位(\x64子目录)都没关系-fftw3.h文件是C源文件，并且无论R安装什么体系结构都相同。

    在PKG_LIBS行中提到的2个目录是可以找到名为 libfftw3.something 的文件的目录，并且链接器在编译步骤结束时将所有内容放在一起时需要链接器。可能是“.dll”(在这种情况下，子目录可能是\bin而不是\lib)，或者可能是“.a”或“.la”(R使用静态FFTW库时查找的内容)一旦我学会了如何从源代码编译FFTW，就创建了该文件。

    需要2个目录，因为R默认情况下会尝试在Windows计算机上安装Rcartogram的32位和64位版本。如果您提供.dll格式的FFTW库文件，则这些文件与PATH中必须存在的库完全相同(因为当您尝试执行库(Rcartogram)时，R需要在加载已安装的库时再次查找FFTW dll库。 Rcartogram程序包)(此外，这就是为什么我最终编译了自己的静态FFTW库，因此不必在Windows环境中弄乱我的PATH变量的原因)。

    如果您使用的是从上面的链接下载的二进制文件，则fftw3.h和libfftw3.dll文件均为，它们都位于同一(子)目录中，和则libfftw3.dll文件实际上称为 libfftw3-3。 dll ，因此在这种情况下，您的src/Makevars.win文件需要为:
    PKG_CPPFLAGS=-I"main libfftw directory\x64"   -DNOPROGRESS
PKG_LIBS=-L"main libfftw directory\x64" -L"main libfftw directory\i386"  -lfftw3-3 -lm

    与我的src/Makevars.win的主要区别是:
  • 插入您的main libfftw directory的名称-即当您解压缩下载的FFTW二进制文件
    • 时在其下创建/i386和/x64子目录的父目录
  • 删除\include和\lib子子目录，以及
  • 将-libfftw3更改为-libfftw3-3(还要注意必须在-和-L标志的开头，每个-l(减号)前的空格处)。

    • Makevars.win文件在做什么？它告诉R安装过程在尝试预处理，编译和链接Rcartogram的src子目录中的C代码时将需要的标志。 PKG_CPPFLAGS的值是C预处理程序的一组标志，而PKG_LIBS的值是链接步骤的一组标志。
  • -I是一个标志，上面写着“当C预处理程序查找包含文件时，尝试在以下目录中查找”，因此在上面的示例中，它指示查找"main libfftw directory\x64"。它寻找的包含文件是fftw3.h(该文件名埋在Rcartogram中的C代码中)
  • -L标志显示“当链接器从您希望使用的任何库中查找文件时，尝试在以下目录中查找”，因此-L"main libfftw directory\x64"说尝试在"main libfftw directory\x64"目录中查找。您可以(并且需要)在该搜索路径上拥有多个目录-链接器一直不断查找，直到找到所需的内容为止(或者用完了很多地方可以查找并给出错误消息)，然后添加
  • -l标志提供链接器应查找的库文件的名称，而不是逐字记录-而是根据您输入的内容(遵循unix世界的一个(对我来说有点疯狂))构造该名称。由于库的文件名始终以“lib”开头，因此约定的第一部分是将“lib”保留在标记中的名称之外。库的文件名可以具有几个不同的扩展名(例如“.dll”或“.a”)，因此约定的第二部分是您也保留了文件扩展名之外的-l标志值，并让链接器理清其所需的内容。因此，–lfftw3表示查找一个名为libfftw3.dll或一个名为libfftw3.a的文件(我不确定还有其他可能的扩展名)。

    • 下载的dll实际上称为libfftw3-3.dll(不同于我自己编译的dllt_code)，因此需要将libfftw3.a标志更改为–l
    注意:如果您正在使用下载的使用–lfftw3-3的FFTW库，请确保也将它们放在PATH中(请参阅步骤2的最后一段)。

    步骤4:对Rcartogram C代码的小修正

    我发现必须对Rcartogram代码本身进行另外两个小更改，才能使事情正常运行。

    首先在文件R/cart.R中有两行，这两行都使用.dll函数。我需要在.Call( )函数中再添加一个参数(即PACKAGE = "Rcartogram")，例如
    tmp = .Call("R_makecartogram", popEls, x, y, dim, as.numeric(blur))

    成为
    tmp = .Call("R_makecartogram", popEls, x, y, dim, as.numeric(blur), PACKAGE = "Rcartogram")

    同样，在购物车的更下方。R，更改后的.Call变为
    .Call("R_predict", object, as.numeric(x),  as.numeric(y), ans, dim(object$x), PACKAGE = "Rcartogram")

    其次，再次在R/cart.R中，我必须进行更改
    tmp = rep(as.numeric(NA), length(x))
ans = list(x = tmp, y = tmp)

    到
    # Avoid problems with the same vector (tmp) being sent to C twice due to R's
# copy-on-modify rules
tmp_x = rep(as.numeric(NA), length(x))
tmp_y = rep(as.numeric(NA), length(y))
ans = list(x = tmp_x, y = tmp_y)

    这项工作花了我很多工作，但如果没有它，Rcartogram的演示将给出错误的结果(即使运行正常)。

    步骤5:实际安装Rcartogram

    您现在应该可以安装Rcartogram。任何一个
  • ，方法是打开cmd窗口，将目录(.Call更改为)已解压缩和修改的Rcartogram程序包源代码所在的位置，然后键入cd或
    • 通过启动R session ，将工作目录设置为Rcartogram源所在的位置并键入R CMD INSTALL --preclean . ，来创建

  • install.packages(".", repos = NULL, type = 'source', INSTALL_opts = "--preclean")之所以有效，是因为您已将. ed到Rcartogram源代码所在的目录。 cd标志告诉R整理掉Rcartogram中C代码开始之前的任何早期(失败的)尝试中残留的​​中间文件。如果您到此为止并且仍然遇到问题，那么也可以添加一个--preclean标志。它提供了有关安装失败原因的更多详细信息。

    第6步:欣赏变形贴图

    我刚刚真正开始真正使用Rcartogram(花了一段时间才走到这一步!)，但是您可能想查看getcartr --- R package。该程序包使用Rcartogram，看起来很整洁! 和在github网站上给出的安装说明对我来说是第一次工作(尽管我已经安装了devtools并可以正常工作)。

    希望这对您有所帮助(并祝贺所有阅读此书的人)

    2017年5月更新

    我已经有两年没有这样做了(因此不能保证它仍然可以工作)，但是在我写完上面的文章之后，我在https://github.com/Geoff99/Rcartogram/tree/WindowsInstall上创建了一个RCartogram的 fork 副本。

    请参阅WindowsInstall分支，其中包括
  • ，一个经过严重注释的--debug，旨在简​​化在Windows上安装RCartogram的过程，以及
  • 是一个比上述src/Makevars.win中的文章还要全面的教程。请参阅以下链接https://github.com/Geoff99/Rcartogram/blob/WindowsInstall/vignettes/README.WindowsInstall.Tutorial.Rmd

    • (要使用本教程，您需要使用分支的存储库的WindowsInstall分支!)

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