java - 在MATLAB中更改seqlogo图形的x轴

我正在以编程方式制作大量的seqlogos。它们的宽度为数百列，因此运行seqlogo通常会创建太薄而看不到的字母。我注意到，我只关心其中的几列(不一定是连续的列)……大多数是噪音，但有些高度保守。

我使用类似以下代码段的内容:

wide_seqs = cell2mat(arrayfun(@randseq, repmat(200, [500 1]), 'uniformoutput', false));
wide_seqs(:, [17,30, 55,70,130]) = repmat(['ATCGG'], [500 1])

conserve_cell = seqlogo(wide_seqs, 'displaylogo', false);
high_bit_cols = any(conserve_cell{2}>1.0,1);
[~, handle] = seqlogo(wide_seqs(:,high_bit_cols ));

尽管执行此操作时，我会丢失有关数据来自哪些列的信息。

通常，我只需要更改seqlogo的x轴即可。但是，seqlogo是某种疯狂的基于Java的对象，其调用类似于:

set(handle, 'xticklabel', num2str(find(high_bit_cols)))

不工作。任何帮助将不胜感激。

谢谢，
将要

编辑:

赏金大方，我愿意接受各种疯狂的方法来更改轴标签，包括(但不限于):保存后使用图像处理工具箱修改图像，使用文本框创建新的seqlogo函数，修改Java代码(如果可能)等。我不愿意接受“使用python”，“使用此R库”或任何其他非Matlab解决方案。

最佳答案

好的，我为此问题花了几个小时。看来您无法在该hgjavacomponent对象的顶部放置任何MATLAB对象(轴或文本框)。当然，我无法修改Java代码。因此，我找到的唯一可行的解决方案是从头开始创建图形。

我不想重写代码来计算权重矩阵(符号高度)，您已经做到了。但是，如果您根本不想使用MATLAB的seqlogo，则可以这样做。因此，我对您的最后一行进行了一些更改以获取矩阵:

[wm, handle] = seqlogo(wide_seqs(:,high_bit_cols ));

文本符号的问题在于，您无法精确控制其大小，无法将符号适合文本框。这可能就是MATLAB决定使用Java图形对象的原因。但是我们可以创建符号图像并对其进行处理。

这是创建字母图像的代码:

letters = wm{1};
clr = [0 1 0; 0 0 1; 1 0.8 0;1 0 0]; % corresponding colors
for t = 1:numel(letters)
    hf = figure('position',[200 200 100 110],'color','w');
    ha = axes('parent',hf, 'visible','off','position',[0 0 1 1]);
    ht = text(50,55,letters(t),'color',clr(t,:),'units','pixels',...
        'fontsize',100,'fontweight','norm',...
        'vertical','mid','horizontal','center');
    F = getframe(hf); % rasterize the letter
    img = F.cdata;
    m = any(img < 255,3); % convert to binary image
    m(any(m,2),any(m,1))=1; % mask to cut white borders
    imwrite(reshape(img(repmat(m,[1 1 3])),[sum(any(m,2)) sum(any(m,1)) 3]),...
        [letters(t) '.png'])
    close(hf)
end

然后，我们使用这些图像绘制新的seqlogo图:

xlabels = cellstr(num2str(find(high_bit_cols)'));
letters = wm{1};
wmat=wm{2}; % weight matrix from seqlogo
[nletters  npos] = size(wmat);
wmat(wmat<0) = 0; % cut negative values

% prepare the figure
clf
hAx = axes('parent',gcf,'visible','on');
set(hAx,'XLim',[0.5 npos+0.5],'XTick',1:npos,'XTickLabel',xlabels)
ymax = ceil(max(sum(wmat)));
ylim([0 ymax])
axpos = get(hAx,'Position');
step = axpos(3)/npos;

% place images of letters
for i=1:npos
    [wms idx] = sort(wmat(:,i)); % largest on the top
    let_show = letters(idx);
    ybot = axpos(2);
    for s=1:nletters
        if wms(s)==0, continue, end;
        axes('position',[axpos(1) ybot step wms(s)/ymax*axpos(4)])
        ybot = ybot + wms(s)/ymax*axpos(4);
        img = imread([let_show(s) '.png']);
        image(img)
        set(gca,'visible','off')
    end
    axpos(1)=axpos(1)+step;
end

结果如下:
alt text http://img716.imageshack.us/img716/2073/seqlogoexample.png

当然，可以进一步改善代码和图形，但是我希望这是您可以开始使用的东西。让我知道我是否想念什么。