r - 如何在包中显示S4函数的源代码？

我使用R中的topGO软件包通过以下代码分析基因富集:

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

我想查看并更改RunTest函数和GenTable函数以更改ResultTable，但是我不知道如何显示该函数。使用getAnywhere("GenTable")我没有得到我想要的硬代码。

getAnywhere("GenTable")

我怎样才能做到这一点？

最佳答案

使用getMethod()并指定签名。在您的情况下，可能是例如:

getMethod("GenTable","topGOdata")

显示topGOdata对象的GenTable方法。在这种情况下，只有为topGOdata对象定义的方法。如果存在具有不同签名的方法，showMethods()会告诉您哪些方法。在您的情况下:

showMethods("GenTable")
# Function: GenTable (package topGO)
# object="topGOdata"

您可以通过在getMethod()函数中进行指定来获取所需签名的代码。