我正在从事一个涉及分子的Python项目，到目前为止，我一直将分子表示为图形。
我用三种不同的numpy数组描述每个图形：一个二进制邻接矩阵，一个存储分子中每个原子的原子序数的数组以及一个存储原子之间键类型的矩阵。我只代表图中的重原子，所以没有氢。
我正在寻找一种检查分子有效性的方法，并且我一直在尝试使用RDKit的SanitizeMol函数进行此操作。
有没有简单的方法可以将图形转换为Mol对象？
我还具有将numpy格式转换为Networkx图的功能，但是找不到任何执行以下步骤的方法（从nx到RDKit）。
我一直在尝试使用EditablMol手动构建Mol，但是图中没有氢会导致几个原子的化合价出现问题。
我有点卡住，不胜感激。
谢谢
最佳答案
请参阅下面的答案以及底部nx_to_rdkit函数的链接
SMILES from graph
关于python - 如何将分子从图形表示转换为RDKit Mol，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/51683952/