我正在寻找可用于在非平衡情况下模拟分子动力学的python软件包。我需要一种可以以动力学原理的方式处理相当多分子的设备，并且可以处理存在固体表面的设备。关于表面，我将需要能够创建任意形状并监视由分子作用引起的压力和其他变量。另外，如果我有可以处理的分子，我可以自己添加表面部分。
有人知道任何合适的软件包吗？
最佳答案
您考虑过SimPy吗？ SimPy是一个相当通用的离散事件模拟程序包，但可以满足您的需求。
更好的是Molecular Modelling ToolKit (MMTK)似乎更专业...
我都没用过，但这听起来很有趣。 Python作为一种语言，似乎可以在仿真软件中使用，因此人们可以在对模型的特定细节进行脚本编写的同时，依靠框架来执行所有常见逻辑，例如调度，可视化，监视等。这些工具箱在与生物学模型相对应的情况下，被代理商计数时的扩展能力如何(BTW，这有多“大”？)