java - ImageJ jar文件插件快捷方式创建

我一直在从事发育生物学项目，该项目标记各种核标记物以及DAPI染色剂，以确定标记物表达的百分比。我发现当同时使用CLAHE程序时，ImageJ插件ITCN（http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/itcn.html）对于每个标记都适用。我的问题是我要分析约6000张图像，并且希望能够实现自动化。我已经录制了一个如下宏（它本身可以循环到单个图像文件）：

open("image");
run("8-bit");
run("CLAHE");
run("ITCN ");
close();

但是ITCN图标不会自动开始分析，也没有容易编程的快捷方式来完成这项工作。我对任何Java编程都一无所知，我很想知道是否有任何方法可以解决这个可能的简单问题。

提前致谢
麦可

最佳答案

正如您所发现的，ITCN插件被实现为PlugInFrame，并且其设置不可记录。但是，从源头上看，该插件似乎在收集了选项后仅使用了另一个名为ITCN_Runner的类，您应该能够以编程方式对其进行调用。

但是，您不能使用宏语言来执行此操作。可能最简单的替代方法是使用ImageJ的内置Javascript脚本。例如，像往常一样启动Macro Recorder，但是在左上方选择“ JavaScript”。然后，前两个命令对我显示（为清晰起见，重新格式化）为：

imp = IJ.openImage("/home/mark/test.tif");
IJ.run(imp, "8-bit", "");
IJ.run(imp,
       "Enhance Local Contrast (CLAHE)",
       "blocksize=127 histogram=256 maximum=3 mask=*None* fast_(less_accurate)");

然后，如果您查看ITCN插件的源代码，则可以看到如何创建ITCN_Runner类并运行它-例如：

runner = new ITCN_Runner( imp,
                          1, /* width*/
                          5.0, /* minimum distance */
                          0, /* threshold */
                          false, /* detect dark peaks */
                          null /* mask ImagePlus */ )
runner.run()

这将在另一个具有相同名称但带有"Results "前缀的窗口中产生输出。