我一直在研究分子动力学(MD)模拟软件包ESPResSo ++(http://www.espresso-pp.de/)中的一段新代码。该代码将ESPResSo ++与PLUMED(https://plumed.github.io/)(MD软件包的插件)连接起来。 ESPResSo ++广泛使用了boost-python库。 Python代码加载一个共享的C++库，该库执行大部分计算，同时为用户提供接口(interface)。从ESPResSo ++的共享C++库中调用PLUMED库。 PLUMED可以静态链接到ESPResSo ++，也可以动态链接，也可以在运行时链接。当PLUMED静态链接时，我没有任何问题。当使用PLUMED的运行时链接构建ESPResSo ++时，会出现 undefined 的符号错误:
+++ Loading the PLUMED kernel runtime +++
+++ PLUMED_KERNEL="/home/theorie/songbin/applications/src/plumed-2.4.0/src/lib/libplumedKernel.so" +++
+++ PLUMED kernel not found ! +++
+++ error message from dlopen(): /home/theorie/songbin/applications/src/plumed-2.4.0/src/lib/libplumedKernel.so: undefined symbol: plumed_cmd
+++ ERROR: you are trying to use plumed, but it is not available +++
+++ Check your PLUMED_KERNEL environment variable +++
。我跑了
ldd -r libplumedKernel.so
。输出结果是:
undefined symbol: plumed_cmd (./libplumedKernel.so)
undefined symbol: plumed_kernel_register (./libplumedKernel.so)
undefined symbol: plumed_finalize (./libplumedKernel.so)
undefined symbol: plumed_create (./libplumedKernel.so)
。然后我跑了
nm _espressopp.so | grep plumed
。我有
000000000275b8a0 T plumed_c2f
000000000275b660 T plumed_cmd
000000000275b5d0 T plumed_create
000000000275b450 T plumed_dummy_cmd
000000000275b430 T plumed_dummy_create
000000000275b440 T plumed_dummy_finalize
000000000275b900 T plumed_f2c
000000000275ba30 T plumed_f_cmd
000000000275bc20 T plumed_f_cmd_
000000000275bc30 T plumed_f_cmd__
000000000275ba10 T plumed_f_create
000000000275bbd0 T plumed_f_create_
000000000275bbe0 T plumed_f_create__
000000000275ba60 T plumed_f_finalize
000000000275bc70 T plumed_f_finalize_
000000000275bc80 T plumed_f_finalize__
000000000275b9f0 T plumed_f_gcmd
000000000275bae0 T plumed_f_gcmd_
000000000275baf0 T plumed_f_gcmd__
000000000275b9e0 T plumed_f_gcreate
000000000275ba90 T plumed_f_gcreate_
000000000275baa0 T plumed_f_gcreate__
000000000275ba00 T plumed_f_gfinalize
000000000275bb30 T plumed_f_gfinalize_
000000000275bb40 T plumed_f_gfinalize__
000000000275b9a0 T plumed_f_ginitialized
000000000275bb80 T plumed_f_ginitialized_
000000000275bb90 T plumed_f_ginitialized__
000000000275ba80 T plumed_f_global
000000000275bd10 T plumed_f_global_
000000000275bd20 T plumed_f_global__
000000000275b700 T plumed_finalize
000000000275b960 T plumed_f_installed
000000000275bcc0 T plumed_f_installed_
000000000275bcd0 T plumed_f_installed__
000000000275b800 T plumed_gcmd
000000000275b7c0 T plumed_gcreate
000000000275b840 T plumed_gfinalize
000000000275b890 T plumed_ginitialized
000000000275b7b0 T plumed_global
000000000275b790 T plumed_installed
000000000275b4a0 T plumed_kernel_register
我不明白为什么会发生错误。由于_espressopp.so中定义了'plumed_cmd'等，但是在加载libplumedKernel.so时找不到它们。如果有人可以帮助解决此问题，我们将不胜感激。
更新1
我找到了此页面(http://grokbase.com/t/python/python-list/071afrstds/dynamic-library-loading-missing-symbols)，并了解到可以设置LD_DEBUG = all来查找执行期间的符号搜索。与网页类似，也没有在_espressopp.so中搜索符号。这是因为dlopen在导入_espressopp.so时使用RTLD_NOW作为标志。该页面建议使用RTLD_GLOBAL作为标志。不幸的是，这会导致其他地方的导入失败。我现在不能专注于此，代码确实可以使用静态或动态链接而不是运行时链接。 Plumed确实有一个接口(interface)，我认为可以通过Boost / Python封装该接口(interface)以实现运行时链接。但这不是我的优先事项。如果有人有建议，请在此消息下方发布。谢谢。
最佳答案
通过更改上游代码(PLUMED)已解决了此问题。更改的详细信息:https://github.com/plumed/plumed2/pull/362。简而言之，PLUMED不再依赖dlopen搜索该库。相反，它使用全局不可见的dlsym查找符号。