python - 在Python中计算PCA的欧几里得距离

我有3D numpy array作为PCA

pcar =[[xa ya za]
       [xb yb zb]
       [xc yc zc]
       .
       .
       [xn yn zn]]

其中每行是一个点，我从PCA上方选择了任意两个随机行作为群集

out_list=pcar[numpy.random.randint(0,pcar.shape[0],2)]

这给出了具有2行的numpy数组。

我必须找到距out_list的每一行与pcar中的每一行（点）的欧几里得距离，并将该pcar点添加到out_list集群中的最近点。

最佳答案

Scipy中有一个非常快速的实现：

 from scipy.spatial.distance import cdist, pdist

cdist像pchar一样获取两个向量，并计算每个点之间的距离。
pdist仅会给您该矩阵的上三角。

由于它们是在后台用C或Fortran实现的，因此它们的性能很高。

关于python - 在Python中计算PCA的欧几里得距离，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/22965803/