r - 如何在R中绘制二部图

如何在R中绘制bipartite类型的网络？与此类似:

我有相似的数据，但具有基因，疾病和SARS的权重。这个网络就是一个例子。我有不同的属性。我在这里跟随了link。但是由于我对该主题的知识不足，因此无法从中受益匪浅。在此先感谢您的帮助。

最佳答案

从?bipartite_graph帮助中:



因此，您可以执行以下操作(igraph 1.0.1):

library(igraph)

set.seed(123)

# generate random bipartite graph.
g <- sample_bipartite(10, 5, p=.4)
# check the type attribute:
V(g)$type

# define color and shape mappings.
col <- c("steelblue", "orange")
shape <- c("circle", "square")

plot(g,
  vertex.color = col[as.numeric(V(g)$type)+1],
  vertex.shape = shape[as.numeric(V(g)$type)+1]
)

还要检查?bipartite。

使用OP在注释中提供的示例。由于该图是多部分的，并提供了所提供的数据格式，因此我将首先创建一个两部分图，然后添加其他边。请注意，尽管生成的图形对于is_bipartite()返回TRUE，但将类型参数指定为数字而不是逻辑，并且可能无法与其他二分函数正常工作。

set.seed(123)
V1 <- sample(LETTERS[1:10], size = 10, replace = TRUE)
V2 <- sample(1:10, size = 10, replace = TRUE)

d <- data.frame(V1 = V1, V2 = V2, weights = runif(10))
d
> d
   V1 V2   weights
1   C 10 0.8895393
2   H  5 0.6928034
3   E  7 0.6405068
4   I  6 0.9942698
5   J  2 0.6557058
6   A  9 0.7085305
7   F  3 0.5440660
8   I  1 0.5941420
9   F  4 0.2891597
10  E 10 0.1471136

g <- graph_from_data_frame(d, directed = FALSE)
V(g)$label <- V(g)$name # set labels.

# create a graph connecting central node FOO to each V2.
e <- expand.grid(V2 = unique(d$V2), V2 = "FOO")
  > e
  V2  V2
1 10 FOO
2  5 FOO
3  7 FOO
4  6 FOO
5  2 FOO
6  9 FOO
7  3 FOO
8  1 FOO
9  4 FOO

g2 <- graph.data.frame(e, directed = FALSE)

# join the two graphs.
g <- g + g2

# set type.
V(g)$type <- 1
V(g)[name %in% 1:10]$type <- 2
V(g)[name %in% "FOO"]$type <- 3

V(g)$type
> V(g)$type
 [1] 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3

col <- c("steelblue", "orange", "green")
shape <- c("circle", "square", "circle")

library(rTRM) # Bioconductor package containing layout.concentric()
# the fist element in the list for concentric is the central node.
l <- layout.concentric(g, concentric = list("FOO", 1:10, LETTERS[1:10]))
plot(g,
     layout = l,
     vertex.color = col[V(g)$type],
     vertex.shape = shape[V(g)$type],
     edge.width = E(g)$weights * 5 # optional, plot edges width proportional to weights.
)

函数layout.concentric()在(my)软件包rTRM中，可从Bioconductor获得。这确实是我写的一个简单实现，可以完全按照您的要求进行。我不确定最新的igraph版本是否具有相同的功能(可能是)。

关于r - 如何在R中绘制二部图，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/31366066/