我正在编写matlab代码以执行3维积分:
function [ fint ] = int3d_ser(R0, Rf, N)
Nr = N;
Nt = round(pi*N);
Np = round(2*pi*N);
rs = linspace(R0, Rf, Nr);
ts = linspace(0, pi, Nt);
ps = linspace(0, 2*pi, Np);
dr = rs(2)-rs(1);
dt = ts(2)-ts(1);
dp = ps(2)-ps(1);
C = 1/((4/3)*pi);
fint = 0.0;
for ir = 2:Nr
r = rs(ir);
r2dr = r*r*dr;
for it = 1:Nt-1
t = ts(it);
sintdt = sin(t)*dt;
for ip = 1:Np-1
p = ps(ip);
fint = fint + C*r2dr*sintdt*dp;
end
end
end
end
对于相关的
int3d_par
(parfor)版本,我打开了一个matlab池,只是将for
替换为parfor
。当我在更多内核上运行时,我得到了相当不错的加速(我的测试是从2到8个内核)。但是,当我在批处理模式下使用以下命令运行相同的集成时:
function [fint] = int3d_batch_cluster(R0, Rf, N, cluster, ncores)
%%% note: This will not give back the same value as the serial or parpool version.
%%% If this was a legit integration, I would worry more about even dispersion
%%% of integration nodes per core, but I just want to benchmark right now so ... meh
Nr = N;
Nt = round(pi*N);
Np = round(2*pi*N);
rs = linspace(R0, Rf, Nr);
ts = linspace(0, pi, Nt);
ps = linspace(0, 2*pi, Np);
dr = rs(2)-rs(1);
dt = ts(2)-ts(1);
dp = ps(2)-ps(1);
C = 1/((4/3)*pi);
rns = floor( Nr/ncores )*ones(ncores,1);
RNS = zeros(ncores,1);
for icore = 1:ncores
if(sum(rns) ~= Nr)
rns(icore) = rns(icore)+1;
end
end
RNS(1) = rns(1);
for icore = 2:ncores
RNS(icore) = RNS(icore-1)+rns(icore);
end
rfs = rs(RNS);
r0s = zeros(ncores,1);
r0s(2:end) = rfs(1:end-1);
j = createJob(cluster);
for icore = 1:ncores
r0 = r0s(icore);
rf = rfs(icore);
rn = rns(icore);
trs = linspace(r0, rf, rn);
t{icore} = createTask(j, @int3d_ser, 1, {r0, rf, rn});
end
submit(j);
wait(j);
fints = fetchOutputs(j);
fint = 0.0;
for ifint = 1:length(fints)
fint = fint + fints{ifint};
end
end
我注意到它快得多了。为什么在批处理模式下进行此集成与在
parfor
中进行集成有何不同?作为引用,我使用
N
从较小的数字(如10和20(以获取运行时的多项式近似值中的常数))到较大的数字(如1000和2000)测试代码。该算法将按三次缩放,因为我在中分配了积分节点的数量。 theta
和phi
方向是给定N
的常数倍。对于2000个节点,
parfor
版本大约需要630秒,而批处理模式下相同数量的节点大约需要19秒(其中大约12秒只是开销通信,对于10个集成节点也是如此)。 最佳答案
在获得Mathworks
支持后,看来我对parfor
的工作原理有一个基本的误解。我的印象是,就共享内存与分布式内存而言,parfor
的行为类似于openMP
,而批处理模式的行为则类似于mpi
。
事实证明parfor
实际上也使用了分布式内存。例如,当我创建4个批处理函数时,创建新流程的开销发生了4次。我以为使用parfor
将导致开销仅发生1次,然后parfor
将在相同的内存空间中发生。不是这种情况。
在我的示例代码中,事实证明,对于parfor
的每次迭代,实际上都会产生创建新线程的开销。当比较“苹果与苹果”时,我实际上应该创建的批处理调用次数与parfor
循环中的迭代次数相同。这就是parfor
函数花费更长的时间的原因-我在多处理上花费了更多的开销。