python - 防止snakemake建立输出目录

有没有办法防止SnaMeKAK为不存在的输出创建目录？
如果目录已经存在，则从MeMe套件fimo在运行结束时恼人地失败。
我的解决方法是给fimo一个不同于我在output中指定的目录的输出，但是我想知道是否有一个更直接/更优雅的解决方案。
示例：

    rule generate_scan:
        output:
            PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt'
        params:
            genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa',
            motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme',
            tmp = 'results/tmp_fimo'
        shell:
            '/home/hjp/meme/bin/fimo'
            ' -o {params.tmp}'
            ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A'
            ' {params.motif_database}'
            ' {params.genome}'
            ' && '
            'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/'
            ' && '
            'rm -rf {params.tmp}'

提前谢谢！

最佳答案

目前，在Snakemake中无法直接防止这种情况（大多数工具都会反过来抱怨）。不过，我只是在实际调用fimo之前在输出目录上加上一个rm -r。