编码新手。 Pytho/biopython的新手;这是我有史以来第一个在线问题。
如何打开压缩的fasta.gz文件以提取信息并在函数中执行计算。这是我正在尝试做的简化示例(我尝试了不同的方式)以及错误是什么。我正在使用的gzip命令似乎不起作用。
with gzip.open("practicezip.fasta.gz", "r") as handle:
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
print(record.id)
Traceback (most recent call last):
File "<ipython-input-192-a94ad3309a16>", line 2, in <module>
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\__init__.py", line 600, in parse
for r in i:
File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\FastaIO.py", line 122, in FastaIterator
for title, sequence in SimpleFastaParser(handle):
File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\FastaIO.py", line 46, in SimpleFastaParser
if line[0] == ">":
IndexError: index out of range
最佳答案
您正在使用python3吗?
这个(“r”->“rt”)可以解决您的问题。
import gzip
from Bio import SeqIO
with gzip.open("practicezip.fasta.gz", "rt") as handle:
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
print(record.id)