graphviz - 在pygraphviz/dot中以编程方式在networkx的包装器中指定相同等级的节点

是否可以更改以下代码以将Child_4放置在与Grandchild_0相同的水平位置(从而将Grandchild_4推到其自己的水平)？

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.DiGraph()
G.add_node("ROOT")
for i in xrange(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)

pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot')
nx.draw(G,pos,arrows=False)
plt.show()

上面的代码产生了以下布局，我想通过将子级向下移动一级以与孙子级水平对齐来进行更改:


在Python网络库networkx中，我正在使用graphviz的点引擎来渲染树(在this recommendation之后)。我想通过指定哪些节点应具有相同的高度来控制节点的y位置。节点可能在树中的不同深度。

我知道如果我使用rank=same命令(例如{rank=same; n4 -> p2;} [ex.])编写自己的graphviz代码，就可以控制节点的高度。但是，我依赖networkx.graphviz_layout()[doc | source]生成节点位置，并且graphviz_layout只能将命令行参数发送给pygraphviz。我尝试使用nx.graphviz_layout(G, prog='dot', args="-Grank=same; n4 -> p2;")的变体失败。是否可以在pygraphviz的NetworkX包装器中描述所需的节点高度，还是我需要围绕pygraphviz编写自己的包装器？编辑:答案提供了围绕pygraphviz的新包装。这将大大简化在pygraphviz的现有NetworkX包装器中发送等级信息的过程。如果有人可以告诉我这怎么可能，我将更改接受的答案。

最佳答案

我找不到通过原始的networkx包装器实现此目标的方法。

取而代之的是，我为pygraphviz编写了新的包装程序，其中大部分行都是从the source code复制而来的。它为同级节点列表列表添加了参数sameRank = []，并在for调用周围添加了pygraphviz.add_subgraph(listOfNodes,rank="same")循环。

def graphviz_layout_with_rank(G, prog = "neato", root = None, sameRank = [], args = ""):
    ## See original import of pygraphviz in try-except block
    ## See original identification of root through command line
    A = nx.to_agraph(G)
    for sameNodeHeight in sameRank:
        if type(sameNodeHeight) == str:
            print("node \"%s\" has no peers in its rank group" %sameNodeHeight)
        A.add_subgraph(sameNodeHeight, rank="same")
    A.layout(prog=prog, args=args)
    ## See original saving of each node location to node_pos
    return node_pos

在问题示例中，可以通过以下行将Child_4推到与Grandchild_0相同的水平位置:

pos=graphviz_layout_with_rank(G, prog='dot',sameRank=[["Child_4","Grandchild_0"]])

关于graphviz - 在pygraphviz/dot中以编程方式在networkx的包装器中指定相同等级的节点，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/15353087/