内容转自:https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php
gatk IntervalListTools中合并的picard
IntervalListTools
的多个操作interval的功能。
1.合并两个interval lists
java -jar picard.jar IntervalListTools \
ACTION=CONCAT \
I=input.interval_list \
I=input_2.interval_list \
O=new.interval_list
2. 合并两个interval lists,排序并合并重叠区域
java -jar picard.jar IntervalListTools \
ACTION=CONCAT \
SORT=true \
UNIQUE=true \
I=input.interval_list \
I=input_2.interval_list \
O=new.interval_list
3.从INPUT中提取另外一个INPUT的序列
shell java -jar picard.jar IntervalListTools \ ACTION=SUBTRACT \ I=input.interval_list \ SI=input_2.interval_list \ O=new.interval_list ### 4.查找input1.interval_list或input2.interval_list,和在input3.interval_list中的碱基:
shell
java -jar picard.jar IntervalListTools ACTION=INTERSECT I=input1.interval_list I=input2.interval_list SI=input3.interval_list O=new.interval_list
```