在R中读取有向图

我在阅读/创建有向图时遇到麻烦。我遵循了找到here的步骤。

这是我的文本文件graph.txt:

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7 9
7 12
8 9
9 10
9 11
9 12
10 11
11 7
11 12

现在，我阅读此graph.txt:

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

然后我将其绘制:

plot(xlist)

但这不是我已读入xlist的图:

如您所见，在1-> 2、1-> 3、5-> 10等之间没有边。如何正确读取有向图？

完成此操作后，如何显示两个节点之间的所有最短路径？

最佳答案

这对我来说似乎很好:

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

注意R会更改节点并将它们从零向上索引(在下面的最新igraph更新中，如下面的@Sacha Epskamp注释中所述)。
使用:

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

您将看到所需的名称。即介于1到2之间的边。

绘制最短路径的一种方法是使用get.all.shortest.paths，然后使用它来子集图形并对其进行过度绘制。有关绘制绘图树的类似示例，请参见answer to this question。