我有一些来自ChIP-seq绑定配置文件的非常大的WIG文件，但我希望将假发文件上传到一些在线基因组浏览器。因此，我需要通过降低分辨率来减小假发文件的大小。
假设我不需要100 bp的窗口，我可以接受1000 bp的窗口以可视化绑定配置文件。不确定是否有一些有效的算法可以做到这一点？
我可以使用Java或R来实现。
最佳答案
当前，最方便的方法是使用SPP降低假发的分辨率，同时从Bam生成假发。
以下脚本可能有用。
bamtowig("treat.bam","control.bam","name","OutDir",150, 50)
tag.dens<-get.smoothed.tag.density(chip.data, control.tags=input.data, bandwidth=bandwidth, step=step)
writewig(tag.dens, fname=paste(nam, ".TagDens.bd",bandwidth,".st",step,".wig", sep=""),paste("Tag Density", bandwidth, step))
另一种方法是直接解析假发，因为假发是文本文件，因此您可以编写一个脚本来逐行读取假发并合并到大窗口中。对于大窗口，可以使用平均值。