r - 由ExpressionSet对象的样本子集

我有一个带有100个样本的ExpressionSet对象：

> length(sampleNames(eset1))
100

我还有一个包含75个样本名称的向量（不是数据本身）：

> length(vecOf75)
75

如何根据75个样本名称对eset1进行子集化（并保存）？也就是说，我要忽略eset1中未列出名称的vecOf75中的那些样本。请记住，与75个样本名称相对应的一些样本可能不在eset1中。从而，

> length(sampleNames(eset1))

现在应该给出

最佳答案

ExpressionSet可以像矩阵一样是子集，所以也许

eset2 = eset1[, sampleNames(eset1) %in% vecOf75]

或者如果all(vecOf75 %in% sampleNames(eset1))

eset1[, vecOf75]

不知道“保存”是什么意思；保存（eset2，“ some_file.rda”）或提取组件exprs(eset2)，pData(eset2)等，并使用write.table和其他标准R函数。