我从锌数据库（http://zinc.docking.org/）中得到了一大组mol2（http://tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=sup_mol2&s=0）格式的分子。我希望能够将这个数据库拆分成一组任意的N个较小的数据库。在python、bash或perl中，最好的脚本编写方法是什么？我读过关于openbabel的文章，但它只能生成一组独立的分子。
如果没有，我还可以将mol2转换为另一种更方便的格式
塔克人
最佳答案
csplit可以将文件分离为单个分子：
csplit ~/Download/zinc.mol2 '/@<TRIPOS>MOLECULE/' '{*}'
如果你想要更聪明的东西，那么你可以把每个分子读入一个列表或数组作为一个字符串，然后在每个文件中吐出你喜欢的数量。