r - miRNA靶标富集

有谁知道一个包或函数，它接受一个 miRNA 的转录本 ID (ENSTXXXXXXXXXX) 和一个 mRNA 并输出该基因是否是该 miRNA 的目标？

我已经环顾了 Bioconductor 包(“mirbase.db”等)，但找不到可以做到这一点的包。

最佳答案

我刚刚一直在研究将 miRNA 映射到基因目标的类似问题，反之亦然。我发现的一种方法是使用 targetscan.Hs.eg.db(假设这里是人类数据)，它可以通过 bioconductor 获得:

biocLite('targetscan.Hs.eg.db')

library('org.Hs.eg.db') # required package
library('targetscan.Hs.eg.db')

get(get("SLC2A4", revmap(org.Hs.egSYMBOL)), targetscan.Hs.egTARGETS)
[1] "miR-150/5127"
[2] "miR-199ab-5p"
[3] "miR-17/17-5p/20ab/20b-5p/93/106ab/427/518a-3p/519d"
[4] "miR-93/93a/105/106a/291a-3p/294/295/302abcde/372/373/428/519a/520be/520acd-3p/1378/1420ac"
[5] "miR-31"

以上是使用Gene_Symbol(有很多方法可以将转录本ID转换为符号)。这似乎列出了在目标扫描数据库中为所选基因找到的 miRNA 目标，在这种情况下为 SLC2A4。

关于r - miRNA靶标富集，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/20508757/