python - 如何在Travis CI中使用python-openbabel？

我将Travis CI用作毒理学制图项目的一部分。对于此项目，我需要python-openbabel作为依赖项。这样，我将apt-get安装程序添加到了.travis.yml文件中，如下所示(已删除注释)。

language: python
python:
  - "2.7"
before_install:
  - sudo apt-get update -qq
  - sudo apt-get install python-openbabel
install: "pip install -r requirements.txt"
script: nosetests tox.py

但是，所有这些尝试均失败，并显示错误消息Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?。我尝试将SWIG添加到要安装的应用程序列表中，但无济于事。

另外，我尝试按照Openbabel本身的建议添加整个构建过程，这将产生以下travis.yml:

language: python
python:
  - "2.7"
before_install:
  - sudo apt-get update -qq
  - sudo apt-get install python-openbabel
  - wget http://downloads.sourceforge.net/project/openbabel/openbabel/2.3.1/openbabel-2.3.1.tar.gz?r=http://%3A%2F%2Fsourceforge.net%2Fprojects%2Fopenbabel%2Fopenbabel%2F2.3.1%2Fts=1393727248&use_mirror=switch
  - tar zxf openbabel-2.3.1.tar.gz
  - mkdir build
  - cd build
  - cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON
  - make
  - make install
  - export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH
install: "pip install -r requirements.txt"
script: nosetests tox.py

尝试解压缩下载的文件时，此操作将失败。

所有失败的构建都可以在Travis-CI上看到:https://travis-ci.org/ToxProject/ToxProject
Github仓库在这里:https://github.com/ToxProject/ToxProject

简而言之，如何在Travis-CI中使用python-openbabel？

最佳答案

通过apt-get安装的openbabel版本是1.7，而在requirements.txt中setup.py中指定的版本是openbabel>=1.8。
这使得apt-get安装的软件包不满足requirements.txt的要求，并且pip尝试安装该软件包，而不管所安装的openbabel的旧版本如何。而且virtualenv不会使用已经安装的系统软件包。

并且通过pip安装openbabel时，它需要libopenbabel的头文件，该文件不包括在libopenbabel4自动安装的python-openbabel中。travisCI使用的ubuntu 12.04中libopenbabel-dev的版本不满足openbabel==1.8的需求。

解决方案:

手动安装较新版本的libopenbabel-dev和libopenbabel4:

before_install:
  - sudo apt-get install -qq -y swig python-dev
  - wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/o/openbabel/libopenbabel4_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb
  - sudo dpkg -i libopenbabel4_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb
  - wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/o/openbabel/libopenbabel-dev_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb
  - sudo dpkg -i libopenbabel-dev_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb