我正在尝试使用openbabel库编写一些程序,其中一个是从sdf文件中提取数据的简单程序。但是我有一个FormatFromExt函数不起作用。无论传递什么输入参数,函数调用都返回NULL。

OpenBabel::OBFormat *inputFormat = conv.FormatFromExt(argv[1]);
// This method fails, returns NULL ^^
if (!inputFormat || !conv.SetInFormat(inputFormat)) {
  char buf[256];
  sprintf(buf, "Could not find input format for file: %s", inputFormat);
  cerr << buf << endl;
  exit(0);
}

此类的其他方法OBConversion也返回NULL,如SetInfFormatFindFormatRead
我已经验证了argv[1]确实保存了输入文件的路径,并且该文件具有openbabel库的有效扩展名。我还包括所有必要的头文件。在一台机器上,这个代码工作得很好。另一方面,这些方法失败了。这两个程序都能很好地编译。什么会导致这样的事情发生?
我使用的openbabel库是共享的对象文件。

最佳答案

好吧,这看起来是一个错误的配置。基本上,它似乎在寻找.so文件,但在远程计算机上找不到任何文件。
所以让我们看看这两个痕迹,从它们分开的地方开始。这并不难找到,因为它基本上是在失败的跟踪的末尾。首先,让我们来看一个有效的方法:

openat(AT_FDCWD, "/usr/local/lib/openbabel/2.3.2", O_RDONLY|O_NONBLOCK|O_DIRECTORY|O_CLOEXEC) = 5
brk(0x1199000)                          = 0x1199000
getdents(5, /* 112 entries */, 32768)   = 4200
getdents(5, /* 0 entries */, 32768)     = 0
close(5)                                = 0
futex(0x7f7fbacf90b0, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 2147483647) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/castepformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5
read(5, "\177ELF\2\1\1\3\0\0\0\0\0\0\0\0\3\0>\0\1\0\0\0\340.\0\0\0\0\0\0"..., 832) = 832
fstat(5, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=521866, ...}) = 0
mmap(NULL, 2126352, PROT_READ|PROT_EXEC, MAP_PRIVATE|MAP_DENYWRITE, 5, 0) = 0x7f7fba3db000
mprotect(0x7f7fba3e2000, 2093056, PROT_NONE) = 0
mmap(0x7f7fba5e1000, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_FIXED|MAP_DENYWRITE, 5, 0x6000) = 0x7f7fba5e1000
close(5)                                = 0
mprotect(0x7f7fba5e1000, 4096, PROT_READ) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/xedformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5
read(5, "\177ELF\2\1\1\3\0\0\0\0\0\0\0\0\3\0>\0\1\0\0\0\260'\0\0\0\0\0\0"..., 832) = 832
fstat(5, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=432606, ...}) = 0
mmap(NULL, 2118032, PROT_READ|PROT_EXEC, MAP_PRIVATE|MAP_DENYWRITE, 5, 0) = 0x7f7fba1d5000
mprotect(0x7f7fba1da000, 2093056, PROT_NONE) = 0
mmap(0x7f7fba3d9000, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_FIXED|MAP_DENYWRITE, 5, 0x4000) = 0x7f7fba3d9000
close(5)                                = 0
mprotect(0x7f7fba3d9000, 4096, PROT_READ) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/PQSformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5

它打开目录/usr/local/lib/openbabel/2.3.2,然后读取其中的所有条目。有4200字节的条目。然后依次加载一堆.so文件(共享库)。这些大概是它在/usr/local/lib/openbabel/2.3.2中发现的。
好吧,现在让我们看看失败的一个:
open("/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib/openbabel", O_RDONLY|O_NONBLOCK|O_DIRECTORY|O_CLOEXEC) = 5
fcntl(5, F_GETFD)                       = 0x1 (flags FD_CLOEXEC)
brk(0x1dd6000)                          = 0x1dd6000
getdents(5, /* 3 entries */, 32768)     = 80
getdents(5, /* 0 entries */, 32768)     = 0
brk(0x1dce000)                          = 0x1dce000
close(5)                                = 0
write(2, "Could not find input format for "..., 76Could not find input format for file: files/Compound_014725001_014750000.sdf) = 76

而是打开/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib/openbabel。然后它只读取80字节的条目,可能是因为该目录是空的或接近空的。然后立即打印错误消息。
似乎配置指向了错误的目录,或者该目录从未填充所有的.So文件。注意,在两种情况下都发现Compound_014725001_014750000.sdf良好。如果你从我开始引用的地方看上面几行,你可以看到打开的系统调用。

09-10 09:39