1. 硬件配置
- 处理器是两颗10核20线程处理器,可用线程数为40。
- 数据硬盘由8块8T硬盘(4块原装,4块购买)组成的RAID5,总共可用空间50T。
2. 系统说明
系统版本:centos 7.5(core 4.4-lt)
3. 软件说明
3.1 已安装软件
3.2其他软件
- python
系统默认python版本是python3.7.1,如果需要使默认版本变为python2,在.bashrc文件中修改关于python3的环境变量注释掉,将下面代码
# python3
export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
变成如下便可:
# python3
# export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
- git
使用git clone 的使用有两种方式:
git clone [email protected]:edickie/ciftify.git # 使用ssh
git clone https://github.com/edickie/ciftify.git #使用https
需要注意的是,第一次使用第一种需要自己配置rsa,方法见:https://blog.csdn.net/jinxiaonian11/article/details/82465614 中的3
如果不想配置rsa,则直接使用第二种,在clone的时候需要在github上选对链接种类,见下图。
- fmriprep
由于fMRIPrep运行需要很多依赖,都已安装好,为了保证版本正确,请在bashrc文件中添加以下变量,并保证没有已有变量与其重复。
# nodejs
export NODE_JS=/usr/local/nodejs
export NPM=$NODE_JS/lib/node_modules/npm/bin/
export PATH=$PATH:$NODE_JS/bin/:$NPM
# afni
export PATH=$PATH:/usr/local/afni
# ANTs
export ANTS_DIR=/usr/local/ants/
export PATH=$PATH:$ANTS_DIR/bin
# C3D
export C3D=/usr/local/c3d/bin
export PATH=$C3D:$PATH
# ica-aroma
export ICA_AROMA=/usr/local/ica-aroma
export PATH=$PATH:$ICA_AROMA
# freesurfer
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
FS_FREESURFERENV_NO_OUTPUT=1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FS_LICENCE=$FREESURFER_HOME/license.txt
# FSL
export FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
#python3
export PYTHON3_HOME=/usr/python3/bin
export PIP_HOME=/usr/python3/lib/python3.6/site-packages
export PATH=$PYTHON3_HOME:$PIP_HOME:$PATH
使用命令:
fmriprep data_dir work_dir participant
data_dir 是数据目录,符合BIDS
work_dir 是输出目录,需要很大的空间