SAINT的介绍
SAINT（Significance Analysis of INTeractome）是一种概率方法，用于在亲和纯化-质谱(AP-MS)实验中对阴性对照的诱饵-猎物相互作用进行评分。
SAINTexpress，具有更简单的统计模型和更快的评分算法，显著提高了计算速度和评分的敏感性。
SAINTexpress的使用
下载与安装
wget https://sourceforge.net/projects/saint-apms/files/SAINTexpress_v3.6.3__2018-03-09.tar.gz
tar xf SAINTexpress_v3.6.3__2018-03-09.tar.gz
cd SAINTexpress_v3.6.3__2018-03-09 && make输入文件的准备
主要有三个输入文件
Bait file
第一列是 IP name IP蛋白的名称，可以理解为具体的
第二列是 bait name 靶向蛋白的名称 我的理解为第一列是具体
第三列是 标识分组的 T标识test C 标识controlPrey file
第一列是 prey name 蛋白的名称 可以为GI号或者Uniprot号
第二列是 prey protein length 蛋白的长度
第三列是 prey gene name 基因的名称 可以与蛋白名称一样Interaction file
第一列是 IP name
第二列是 bait name
第三列是 prey name
第四列是 spectral counts
软件的运行与参数
SAINTexpress-spc [OPTIONS] <interaction data> <prey data> <bait data> -L 用来设置虚拟的对照值。例如，如果我们想获得对照的最大的4个光谱值
SAINTexpress-spc –L4 inter.dat prey.dat bait.dat-R 设置计算时每一个baits使用重复的数量。当一些baits的重复多余其他的baits时，这个参数很有用，默认为100
合并已知交互关系的数据
可以输入一个GO格式的文件计算一个TopoAvgP的得分，需要提供包含两列的交互数据库文件，如下图的GO.txt文件。
第一列是GO id 应该可以为其他的id
第二列是属于这个GO term的基因id 用空格分隔开，id名称与prey file的第一列一样
SAINTexpress-spc –L4 inter.dat prey.dat bait.dat GO.txt 输出文件格式
输出的文件有16列，每一列的具体解释如下
Bait: bait identifier bait 文件里面的第二列
Prey: prey identifier 蛋白的名称
PreyGene: additional prey identifier 蛋白对应的基因名
Spec: spectral counts for the bait-prey pair 每一个样的光谱定量值
SpecSum: sum of the spectral counts 定量的和
AvgSpec: average spectral counts over replicates 平均定量值
NumReplicate: number of replicate purifications for the given bait 重复数
ctrlCounts: spectral counts in the negative controls 阴性对照的定量值
AvgP: main probability score 主要的打分值
MaxP: maximal probability score of the interaction over replicates 基于重复互作的最大概率得分
TopoAvgP: topology-aware probability score incorporating known interaction data 包含已知交互数据的拓扑感知概率得分
TopoMaxP: topology-aware maximal probability score over replicates 基于拓扑感知的重复最大概率得分
SaintScore: larger of AvgP and TopoAvgP AvgP和TopoAvgP中的较大值
FoldChange: average spectral count in test interaction divided by the average in controls 处理的平均光谱值处理对照的平均光谱值
Boosted_by: indicates which known interactors of the same bait contributed to TopoAvgP 基于同一诱饵的已知互作关系得到的一个TopoAvgP共享值，具体不太清楚，需要使用GO.txt文件才会得到这个值
FDR: Bayesian false discovery rate 矫正值
logOddsScore: 得分值，应该是指示互作的概率？一般取log