c++ - RCPP软件包创建找不到符号错误

我正在尝试使用Rcpp创建一个R包。

我要导出的主要代码是C++，但它依赖于其他C++和C脚本。

我的项目如下所示:

├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
├── R
│   └── RcppExports.R
├── README.md
├── Read-and-delete-me
├── inst
│   ├── include
│   │   ├── Generate_RQMC.hpp
│   │   ├── Get_seed.hpp
│   │   ├── HilbertCode.hpp
│   │   └── SamplePack
│   │       ├── DB_NX.h
│   │       ├── DB_ShiftNets.h
│   │       ├── DigitalNetsBase2.h
│   │       ├── Measurements.h
│   │       └── RadicalInversesBase2.h
│   └── libsqmc_main.a
├── man
│   └── RSQMC-package.Rd
└── src
    ├── Makevars
    ├── RSQMC.so
    ├── RcppExports.cpp
    ├── RcppExports.o
    ├── SQMC.cpp
    ├── SQMC.o
    └── libqmc
        ├── Generate_RQMC.cpp
        ├── Generate_RQMC.o
        ├── Get_seed.cpp
        ├── Get_seed.o
        ├── HilbertCode.cpp
        ├── HilbertCode.o
        └── SamplePack
            ├── DigitalNetsBase2.C
            ├── Measurements.C
            ├── dn2dpro.C
            ├── dnmeasure.C
            ├── ricapdisc.C
            ├── rimeasure.C
            ├── rivis.C
            └── tparam.C

其中libsqmc.so是将文件夹R_Functions中的所有脚本分组的共享库。

在main.cpp文件中，我想从Generate_RQMC.hpp调用一个函数，因此我在脚本的开头添加了以下行:

#include "SQMC_scripts/R_Functions/include/Generate_RQMC.hpp"

当我跑步时

R CMD build RSQMC

我收到以下错误:



MyFunction是我尝试从Generate_RQMC.hpp调用主文件中的函数。

我通过将-I“... / src / SQMC_scripts / include”添加到PKG_LIBS来修改了Makevars，但它没有任何改变。

我正在使用macOS Sierra 10.12.5，R 3.3.2和Rcpp 0.12.11。

更新

我修改了我的Makevars，现在看起来像这样:

CXX_STD = CXX11

SOURCES=$(wildcard SQMC_scripts/*.cpp SQMC_scripts/*/*.C)

OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)

PKG_CXXFLAGS = -I".../RSQMC/src/"

PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

all: $(SHLIB)

$(OBJECTS): clean

clean:  @rm -f $(OBJECTS)

但是我仍然有相同类型的错误(针对SQMC_scripts文件夹中定义的不同类和函数)，例如:



DigitalNetGenerator是在C文件DigitalNetsBase2中定义的类。

更新2

由于没有外套的回答和这个repository，我终于设法使它起作用。

如果对他人有帮助，这是我的Makevars文件:

$(info The compilation root directory is: $(ROOT_DIR))
$(info The name of the shared library to be created is: $(SHLIB))

CXX_STD = CXX11
PKG_CPPFLAGS= -Dlibqmc_core_shared_EXPORTS -I../inst -I../inst/include
PKG_LIBS= -L../inst -lsqmc_main -lgsl -lCGAL -lgslcblas
LIBS= -L./ -L../inst

SOURCES_C = ./libqmc/SamplePack/DigitalNetsBase2.C ./libqmc/SamplePack/dn2dpro.C ./libqmc/SamplePack/dnmeasure.C ./libqmc/SamplePack/Measurements.C ./libqmc/SamplePack/ricapdisc.C ./libqmc/SamplePack/rimeasure.C ./libqmc/SamplePack/rivis.C  ./libqmc/SamplePack/tparam.C

SOURCES_CPP= ./libqmc/Generate_RQMC.cpp ./libqmc/Get_seed.cpp ./libqmc/HilbertCode.cpp

OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES_CPP:.cpp=.o) $(SOURCES_C:.c=.o)

#all: $(SHLIB)

all: $(SHLIB) ../inst/libsqmc_main.a

$(SHLIB): $(OBJECTS) ../inst/libsqmc_main.a

../inst/libsqmc_main.a: $(OBJECTS)
    ar -rvs ../inst/libsqmc_main.a $(OBJECTS)

最佳答案

包子目录是Section 1.1.5: Package subdirectories中Writing R Extensions涵盖的有趣主题。不幸的是，它有一点遗漏。所以，这个问题出现了一点……实际上，我有一个类似的变体，因为它与Rcpp Attribute use in subfolders有关。 (剧透:无法使用src/子文件夹中的属性...)

不幸的是，对src目录中的文件夹执行此操作的唯一方法是修改Makevars文件，如Section 1.2.1: Using Makevars中Writing R Extensions的后半部分所述。

因此，类似以下内容:

SOURCES=$(wildcard subfolder/*.cpp subfolder2/*.cpp)

OBJECTS = toplevelsrcfile.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)

PKG_CPPFLAGS=-I.

all: $(SHLIB)

clean:
    @rm -f $(OBJECTS)

应该管用...

注意，在您的情况下，toplevelsrcfile.o应该是SQMC.o。

虽然不确定为什么symbols.rds在src/中...