我想直接从sbatch（slurm/sge）命令调用系统命令（kat hist），而不使用.sh脚本。不确定这样的事情是否可能？
这就是我现在正在做的：
"sbatch -p %s -n %s -t %s ./kat_reads_call.sh %s %s %s %s/filter_10xReads.py %s %s" % arg_list
其中
.kat_reads.sh只需执行以下操作：#!/bin/bash
kat hist -o $1 -m $2 -t $3 <($4 -1 $5 -2 $6)
目标是这样的：
"sbatch -p %s -n %s -t %s kat hist -o %s -m %s -t %s <(%s -1 %s -2 %s)" % arg_list
这是我收到的错误：
sbatch: error: This does not look like a batch script. The first
sbatch: error: line must start with #! followed by the path to an interpreter.
sbatch: error: For instance: #!/bin/sh
最佳答案
检查--wrap的sbatch参数。你需要这样的东西：
"sbatch -p %s -n %s -t %s --wrap \"kat hist -o %s -m %s -t %s <(%s -1 %s -2 %s)\"" % arg_list
应用正确的转义序列，因为我不知道它是什么语言。
关于linux - 从SLURM/SGE直接调用系统命令，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/57825845/