我认为这是关于堆栈溢出的一个完全独特的问题。首先一些背景:

我被要求在称为BRCAPRO(brack-a-pro)的计算引擎之上编写一个新的GUI。 BRCAPRO基于一个称为BayesMendel的软件实现了孟德尔计算模型。专门从事癌症治疗的医生和外科医生使用BRCAPRO计算来向患者显示:


根据其遗传学和家族史被诊断出患有癌症的可能性。
基于不同形式的治疗和/或开始这些治疗的年龄,预期寿命的变化。


我已经进行了足够的研究,才知道BRCAPRO公式过于复杂,无法在我自己的代码中合理实现。

有一个现有的(对于癌症医生而言)知名的软件包,名为CancerGene:http://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html。该程序非常老,可以在Windows 95上运行,并且包括针对我的客户无法使用的几种癌症的计算引擎。理想情况下,我的客户希望他的应用程序在网络上运行,以便他可以轻松地与其他医生共享信息。

我的任务是使用基于BRCAPRO引擎构建的CancerGene应用程序,以及:


复制其功能的90%
删除不必要的功能
修改报告的输出
如果可能,使其基于网络


现在我的问题是:

有人知道如何针对BRCAPRO进行编码吗?我已经用Google搜索了两天,没有找到任何API文档或任何开发信息。维基百科说,BayesMendel建模软件是用R编写的,但是我不知道用什么编写BRCAPRO。我完全不了解R。

需要明确的是,我不需要修改BRCAPRO的行为或计算引擎。我只需要知道如何输入它,以便它向我返回数字。

-编辑以添加更多信息-

我在上面的链接中下载了CancerGene应用程序并进行了安装。文献很少,包括BRCAPRO希望接收的数据格式。无需赘述细节,BRCAPRO可以期待矩阵格式的数据,其中每一列代表一种遗传特征,每一行代表一个家庭成员。现在,我只需要知道从Web / Windows表单中收集该矩阵后如何将该矩阵传递给BRCAPRO引擎。

希望这里有一些医生/开发人员在Stack Overflow上!

N

最佳答案

根据this link


BRCAPRO模型现在包含在R包BayesMendel中,用于进行载波概率预测。


因此,看起来您在R中使用了它。

documentation for the BayesMendel包至少可以帮助您入门。虽然看起来您将必须学习R. :)

09-03 18:41