我正在尝试将.maf文件另存为表,但始终会出现以下错误:

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) :
  cannot coerce class ‘structure("MAF", package = "maftools")’ to a data.frame


这是我正在使用的代码:

library(maftools)

laml.maf <- "/Users/PC/mc3.v0.2.8.PUBLIC.maf"
laml = read.maf(maf = laml.maf)

write.table(laml, file="/Users/PC/tp53atm.txt")


我知道.maf文件有几个字段,但是我不确定如何隔离它们以另存为表。任何帮助将非常感激!

最佳答案

问题是write.table函数不知道如何处理MAF类的对象。

但是,您可以像这样访问基础数据:

write.table(laml@data, file="/Users/PC/tp53atm.txt")


但是请注意,这种方式只会导出原始数据,而MAF对象包含各种其他元数据:

> slotNames(laml)
[1] "data"                           "variants.per.sample"            "variant.type.summary"           "variant.classification.summary"
[5] "gene.summary"                   "summary"
 "maf.silent"                     "clinical.data"
>

09-10 01:50