我正在尝试将.maf文件另存为表,但始终会出现以下错误:
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) :
cannot coerce class ‘structure("MAF", package = "maftools")’ to a data.frame
这是我正在使用的代码:
library(maftools)
laml.maf <- "/Users/PC/mc3.v0.2.8.PUBLIC.maf"
laml = read.maf(maf = laml.maf)
write.table(laml, file="/Users/PC/tp53atm.txt")
我知道.maf文件有几个字段,但是我不确定如何隔离它们以另存为表。任何帮助将非常感激!
最佳答案
问题是write.table
函数不知道如何处理MAF
类的对象。
但是,您可以像这样访问基础数据:
write.table(laml@data, file="/Users/PC/tp53atm.txt")
但是请注意,这种方式只会导出原始数据,而
MAF
对象包含各种其他元数据:> slotNames(laml)
[1] "data" "variants.per.sample" "variant.type.summary" "variant.classification.summary"
[5] "gene.summary" "summary"
"maf.silent" "clinical.data"
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