分离R中的软件包不是一个好习惯(请参阅?detach)，但是由于某些原因，我必须在gam和mgcv软件包之间切换。一旦附加和分离了mgcv(并且卸载了命名空间中的所有依赖项!)，gam的函数就会产生一些奇怪的错误(请原谅术语)。似乎-尽管先卸载了一步-mgcv和 friend 回到了命名空间中，并且函数分派(dispatch)出错了。有人遇到过同样的问题吗？
# fresh session
t.s1 <- search()
t.lN1 <- loadedNamespaces()
# some dummy data
data <-data.frame(is.exc=sample(x=c(0,1),size=100,replace=T),
year=1:100,doy=rep(1:5,times=20))
t.dof <- 2
# everything works fine
library(gam)
t.gam1 <- gam::gam(is.exc~s(year,df=t.dof)+s(doy,df=t.dof),data=data,family=poisson)
t.pred1 <- gam::predict.gam(t.gam1,newdata=data,type='terms')
detach('package:gam',unload=T,character.only=T)
detach('package:splines',unload=T,character.only=T)
# compare attached packages and namespaces with fresh session
t.s2 <- search()
t.lN2 <- loadedNamespaces()
identical(t.s1,t.s2)
identical(t.lN1,t.lN2)
# attach and detach mgcv
library(mgcv)
detach('package:mgcv',unload=T,character.only=T)
unloadNamespace('nlme')
unloadNamespace('Matrix')
unloadNamespace('lattice')
unloadNamespace('grid')
# compare again attached packages and namespaces with fresh session
t.s2 <- search()
t.lN2 <- loadedNamespaces()
identical(t.s1,t.s2)
identical(t.lN1,t.lN2)
# use package gam again and produce errors
library(gam)
t.gam2 <- gam::gam(is.exc~s(year,df=t.dof)+s(doy,df=t.dof),data=data,family=poisson)
gam::summary.gam(t.gam2)
t.pred2 <- gam::predict.gam(t.gam2,newdata=data,type='terms')
# why do we have mgcv and friends in the namespace?
loadedNamespaces()
我的 session 信息是(新 session ):
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2
而我使用的是gam(1.09)和mgcv(1.7-28)的最新版本。任何提示表示赞赏!
最佳答案
正如您所预料的那样，问题在于gam和mgcv软件包都为“gam”对象安装了S3方法。
但是，如？detach文档中所述:
因此，在您的情况下，很容易看出这是造成问题的原因:
library(gam)
# installs gam::print.summary.gam
identical(getS3method('print', 'summary.gam'), gam:::print.summary.gam)
[1] TRUE
library(mgcv)
# installs mgcv::print.summary.gam
identical(getS3method('print', 'summary.gam'), mgcv:::print.summary.gam)
[1] TRUE
# save a pointer before unloading namespaces
mgcv_psgam <- mgcv:::print.summary.gam
detach('package:mgcv',unload = TRUE, character.only = TRUE)
# after the detach, the method from mgcv is still installed !!!
identical(getS3method('print', 'summary.gam'), mgcv_psgam)
[1] TRUE
结论:确保您从不加载mgcv
关于R gam和mgcv之间的程序包冲突？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/22126611/