我们目前正在一个项目中,需要从ClinVar访问“ NP_”保藏号。但是,当我们使用Entrez.eFetch()函数时,该信息似乎在结果中丢失。这是指向列出NP_号的网站页面的链接:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/558834/
这是获取XML结果的Python示例脚本代码:
handle = Entrez.efetch(db="clinvar", id=558834, rettype='variation', retmode="text")
print(handle.read())
有趣的是,这曾经返回结果中的NP号,但是,网站的格式/样式似乎与上次开发Python脚本时发生了变化,现在似乎还无法弄清楚如何检索NP号。
任何帮助将不胜感激!感谢您的时间和投入!
最佳答案
handle = Entrez.efetch(db="clinvar", id=558834, rettype='vcv', is_varationid="true", from_esearch="true")
print(handle.read())
另请参阅:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/maintenance_use/