java - 在ImageJ Javascript宏中合并RGB channel

我正在从三个通道的.svs图像中读取裁剪区域，并将作物保存为.tiff图像。当前，图像使用单独的RGB通道保存。

我以这种方式裁剪图像：

var path = currentFolder + "images" + File.separator + imageName;
var options = new ImporterOptions();
options.setId(path);
options.setAutoscale(true);
options.setCrop(true);
options.setCropRegion(0, new Region(X, Y, deltaX, deltaY));
options.setColorMode(ImporterOptions.COLOR_MODE_COMPOSITE);
var croppedImage= new ImagePlus();
croppedImage= BF.openImagePlus(options);

print("cropped image class: " + croppedImage.getClass());

给

cropped image class: class [Lij.ImagePlus;

然后我保存图像：

IJ.saveAs(cropedImage, "tif", outputFileName);

我最终得到了三个通道图像。



我想合并渠道。

我发现了两种可能的方法：

http://javadoc.imagej.net/ImageJ1/ij/plugin/RGBStackMerge.html

http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#flatten--

我尝试了croppedImage.flatten()并且得到了：

javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EvaluatorException: Java class "[Lij.ImagePlus;" has no public instance field or method named "flatten".

我也尝试导入RGBStackMerge类：

importClass(Packages.ij.plugin.RGBStackMerge);

和做

finalImage = new ImagePlus();
finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage, false);
print ("final image class: " + finalImage.getClass() + " length: " + finalImage.length);

但这给出了：

Started svs_to_cropped_tiffs.js at Fri Jan 22 22:58:10 PST 2016 javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EcmaError: TypeError: Cannot call method "getClass" of null

最佳答案

从BF class javadoc：


  static ImagePlus[] openImagePlus(ImporterOptions options)


BF.openImagePlus()返回ImagePlus对象的数组（在[L输出中由getClass()指示）。
您应该通过访问返回数组的第一个元素来访问图像：croppedImage[0]

您建议的两种方法都应该可以起作用：

finalImage = croppedImage[0].flatten();

要么

finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage[0], false);

您可以在ImageJ Wiki的Scripting toolbox页上找到如何使用Bio-Formats打开图像的示例。

关于java - 在ImageJ Javascript宏中合并RGB channel ，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/34960776/