python - 通过Python进行密码子对齐？

我有一对编码DNA序列，希望通过Python进行成对密码子比对，我已经“完成了一半”。

至今..


我使用Biopython包从genbank中检索了成对的直系DNA序列。
我将直系同源对翻译成肽序列，然后使用EMBOSS Needle程序将其对齐。


我希望..


将缺口从肽序列转移到原始DNA序列中。


题

我希望提出有关程序/代码（从Python调用）的建议，这些程序/代码可以将缺口从对齐的肽序列对转移到相应核苷酸序列对的密码子上。或者可以从头开始进行配对密码子对齐的程序/代码。

最佳答案

您需要做的就是将核苷酸序列分成三胞胎。每个氨基酸是一个三元组，每个缺口是三个缺口。
所以在伪代码中：

for x in range(0, len(aminoacid)):
    if x != "-":
       print nucleotide[3x:3x+3]
    else:
       print "---"

关于python - 通过Python进行密码子对齐？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/20843867/