python - 在Anaconda环境中运行qsub

我有一个通常在Linux的conda环境中运行的程序，因为我使用它来管理我的库，并遵循以下说明:

source activate my_environment
python hello_world.py

如何在与PBS兼容的高级计算机上运行hello_world.py。说明说明了如何运行如下所示的代码script.sh，并使用指令qsub进行调用。

# script.sh
#!/bin/sh
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N job_example
#PBS -l select=24
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec ./programa_mpi

如何在anaconda环境中通过qsub运行hello_world.py？

最佳答案

您需要在激活环境和运行脚本之前加载Python模块。

module load python3

cd $PBS_O_WORKDIR
source activate my_environment

mpiexec python hello_world.py

请查看您所在机构的有关其Python模块的文档。在我的机构中，Anaconda是Python3的环境模块，因此您可以按照我的说明加载它。