我正在尝试在没有root用户的Solaris服务器上编译samtools。 Samtools依赖于zlib。该机器上的系统zlib并未使用大文件支持进行编译，因此针对此版本编译samtools具有预期的效果：samtools仅处理小文件。我需要它能够处理大文件。幸运的是，管理员在/usr/local/apps/zlib-1.2.5/中编译了zlib版本，并具有大文件支持。我可以通过在CFLAGS中添加-R /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib来对此进行编译，但这似乎行不通。症状如下：
当我尝试运行samtools时，它因以下错误而崩溃：
ld.so.1: samtools: fatal: relocation error: file samtools: symbol gzopen64: referenced symbol not found
如果将
/usr/local/apps/zlib-1.2.5/添加到LD_LIBRARY_PATH，则samtools可以正常工作。使用ldd和readelf分析samtools会产生以下结果：
$ ldd -r samtools
libnsl.so.1 => /usr/lib/libnsl.so.1
libsocket.so.1 => /usr/lib/libsocket.so.1
libresolv.so.2 => /usr/lib/libresolv.so.2
libm.so.2 => /usr/lib/libm.so.2
libcurses.so.1 => /usr/lib/libcurses.so.1
libz.so => /usr/lib/libz.so
libc.so.1 => /usr/lib/libc.so.1
libmp.so.2 => /usr/lib/libmp.so.2
libmd.so.1 => /usr/lib/libmd.so.1
libscf.so.1 => /usr/lib/libscf.so.1
libdoor.so.1 => /usr/lib/libdoor.so.1
libuutil.so.1 => /usr/lib/libuutil.so.1
libgen.so.1 => /usr/lib/libgen.so.1
symbol not found: gzopen64 (samtools)
$ ldd -s samtools
...(snip)...
find object=libz.so; required by samtools
search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib (LD_LIBRARY_PATH)
trying path=/usr/lib/libz.so
libz.so => /usr/lib/libz.so
...(snip)...
$ readelf -d samtools | grep RPATH
0x0000000f (RPATH) Library rpath: [/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib:/usr/local/apps/gcc-4.5.1/lib]
因此，
/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib显然位于二进制文件的RPATH中，据我了解，应该在运行时搜索共享库。但是，ldd -s显示此目录从不搜索。将此路径添加到LD_LIBRARY_PATH并重新运行ldd命令具有预期的效果：搜索目录并找到正确版本的libz。那么，如何在不使用LD_LIBRARY_PATH的情况下强制samtools在运行时在
/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib中进行搜索？编辑：文档here似乎表明
-R选项是正确的操作。但这是行不通的。 最佳答案
我绝不是Solaris专家，而是这一行：
find object=libz.so; required by samtools
search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib (LD_LIBRARY_PATH)
似乎向我表明已经设置了
LD_LIBRARY_PATH，并且其中的/usr/lib路径优先于所有运行时链接程序路径。如果实际上存在LD_LIBRARY_PATH，可以取消设置它，看看是否可以解决该问题？