python - 将可选的规则输入文件全部放入Snakemake中

在我的Snakemake项目中，我有一个config.yaml文件，该文件允许用户运行管道的某些步骤或不运行某些步骤，例如：

DEG :
   exec : True

因此，在Snakefile中，我包括与DEG相关的规则：

if config["DEG"]["exec"]:
   include: "rules/classic_mapping.smk"
   include: "rules/counts.smk"
   include: "rules/run_DESeq2.smk"

问题是，现在我想在“ all”规则中动态指定输出文件，以便Snakemake可以根据用户输入的参数知道要生成哪些文件。例如，我想到要进行以下操作：

rule all:
   input:
       if config["DEG"]["exec"]:
          "DEG/DEG.txt"
       if config["DTU"]["exec"]:
          "DTU/DTU.txt"

但它不起作用：
    如果在规则定义中，则Unexpected关键字的第58行出现SyntaxError（Snakefile，第58行）

我需要一个外部的观点来寻找替代方案，因为Snakemake不应该以这种方式工作

预先感谢

最佳答案

您可以使用snakemake的功能将函数作为输入并将if循环放入函数中。示例实现如下

def get_input(wildcards):
    input_list = []
    if config["DEG"]["exec"]:
          input_list.append("DEG/DEG.txt")
    if config["DTU"]["exec"]:
          input_list.append("DTU/DTU.txt")
    return input_list

rule all:
    input:
        get_input

如果需要，您可以自定义get_input函数以包括其他条件。 here对此进行了进一步记录。

这样做的另一种替代方法如下，它的可读性差得多，不推荐使用，但在避免附加功能的情况下可以使用，它如下

rule all:
    input:
        lambda wildcards: "DEG/DEG.txt" if config["DEG"]["exec"] else [],
        lambda wildcards: "DTU/DTU.txt" if config["DTU"]["exec"] else [],

关于python - 将可选的规则输入文件全部放入Snakemake中，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/57090794/