linux - 在snakemake上运行管道所需的裸露骨头？

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                        7个月前关闭。
                                                                                            
                
        
我必须执行遗传信息的估算，但是脚本和文件位于不同的位置。也可能涉及一些并行工作。完成工作需要太多的手动运行等待。

为了简化混乱，我想将这些bash脚本放入Snakemake管道中。预期的结果将是一个Snakefile，其规则仅由外壳脚本组成，因为已经指定了输入/输出文件。

为此，我基本上必须运行以下简单示例：

假设我们有一个名为test.txt的包含列表的输入：

13 234 34 4

和bash脚本一起订购，称为test.sh：

sort -n test.txt > test1.txt

为了通过Snakemake运行此脚本，我制作了Snakefile：

rule sort:
    shell:
            "path/to/test.sh"

当我使用命令运行它

snakemake Snakefile

我得到以下错误：

/usr/bin/bash: path/to/test.sh: Permission denied

你们能指出为什么这种语法不能与snakemake一起使用吗？

最佳答案

因此，注释中暗示了该问题。

有两个可能的问题。一种是文件路径不正确，另一种是路径正确，但文件“不可执行”。

如果该文件不是可执行文件，则与snakemake无关。解决方案很简单。只需使用@CharlesDuffy提出的命令：

chmod +x path/to/test.sh