python - 用Python的Popen替换Bash风格的流程

在BASH中，您可以很容易地将进程的输出重定向到临时文件描述符，并且所有这些都是由BASH自动处理的：

$ mydaemon --config-file <(echo "autostart: True \n daemonize: True")

或者像这样：

$ wc -l <(ls)
15 /dev/fd/63

查看它如何不是stdin重定向：

$ vim <(echo "Hello World")
vim opens a text file containing "Hello world"
$ echo  "Hello World" | vim
Vim: Warning: Input is not from a terminal

您可以在第二个示例中看到bash如何自动创建一个文件描述符，并允许您将一个程序的输出传递给另一个程序。
现在我的问题是：如何在Python中使用Popen在子进程模块中做同样的事情？
我一直在使用一个正常的KMES文件，只是读取它，但是我的程序现在在运行时根据用户参数生成一个特定的KMER列表。我想避免手动写入临时文件，因为处理文件权限可能会给原始用户带来问题。
这是我运行程序并用实际文件“kmer_file”捕获stdout的代码

input_file = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_file, kmer_file], stdout=PIPE)

我创建了一个名为generate_kmers的函数，它返回一个字符串，该字符串可以很容易地写入文件（包括换行符）或stringio。我也有一个独立的Python脚本来做同样的事情。
所以现在我想把它作为我的第三个参数来传递：
这不起作用：

kmer_file = stringIO(generate_kmers(3))
input_file = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_file, kmer_file], stdout=PIPE)

这也不是：

kmer_file = Popen(["generate_kmers", str(kmer)], stdout=PIPE)
input_file = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_file, kmer_file.stdout], stdout=PIPE)

所以我没主意了。
有人知道解决这个问题的好方法吗？我想使用shell=true选项并使用实际的bashism谢谢您！

最佳答案

如果pram_axdnull理解"-"约定的意思是：“从stdin读取”，那么您可以：

p = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_filename, "-"],
          stdin=PIPE, stdout=PIPE)
output = p.communicate(generate_kmers(3))[0]

如果输入是由外部过程生成的：

kmer_proc = Popen(["generate_kmers", str(kmer)], stdout=PIPE)
p = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_filename, "-"],
          stdin=kmer_proc.stdout, stdout=PIPE)
kmer_proc.stdout.close()
output = p.communicate()[0]

如果pram_axdnull不理解"-"惯例：

import os
import tempfile
from subprocess import check_output

with tempfile.NamedTemporaryFile() as file:
    file.write(generate_kmers(3))
    file.delete = False

try:
    p = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_filename, file.name],
              stdout=PIPE)
    output = p.communicate()[0]
    # or
    # output = check_output(["pram_axdnull", str(kmer), input_filename,
                             file.name])
finally:
    os.remove(file.name)

使用外部进程生成临时文件：

from subprocess import check_call

with tempfile.NamedTemporaryFile() as file:
    check_call(["generate_kmers", str(kmer)], stdout=file)
    file.delete = False

为了避免等待生成所有KMER，即同时写入/读取KMER，可以在UNIX上使用os.mkfifo()（由@ cDARKE建议）：

import os
import shutil
import tempfile
from contextlib import contextmanager
from subprocess import Popen, PIPE

@contextmanager
def named_pipe():
    dirname = tempfile.mkdtemp()
    try:
        path = os.path.join(dirname, 'named_pipe')
        os.mkfifo(path)
        yield path
    finally:
        shutil.rmtree(dirname)

with named_pipe() as path:
    p = Popen(["pram_axdnull", str(kmer), input_filename, path],
              stdout=PIPE) # read from path
    with open(path, 'wb') as wpipe:
        kmer_proc = Popen(["generate_kmers", str(kmer)],
                          stdout=wpipe) # write to path
    output = p.communicate()[0]
    kmer_proc.wait()