r - GenomicRanges 包中重叠段的宽度

我正在使用 GenomicRanges 来查找来自一个实验的哪些转录本与来自其他实验的那些转录本重叠。

head(to_ranges1)
   knowngene  chr strand Start    Gene
1 uc001aaa.3  chr1    +  9873 16409   DDX11L1
2 uc001aac.4  chr1    - 12361 31370  WASH7P
3 uc001aae.4  chr1    - 12361 21759  WASH7P
library(GenomicRanges)
object_one<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End),
                                     strand,names=knowngene,Gene=Gene)
object_two<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End),
                                     strand,names=knowngene, Gene=Gene))
mm<-findOverlaps(object_one,object_two)
solution <- data.frame(as.data.frame(object_one[as.matrix(mm)[,1],]),
                       as.data.frame(object_two[as.matrix(mm)[,2],]))

我试图找到的是解决方案数据框中命中之间重叠段的宽度，但是我能得到的唯一宽度是与重叠程序之前的原始成绩单相关的宽度。

你能帮我请求吗？

最佳答案

您可以将 ranges 函数应用于 hits 类( findOverlaps 的结果)。范围返回一个范围，其中包含范围对象查询和主题中范围的交集。

您没有提供可重现的示例，因此这里有一个示例:

query <- IRanges(c(1, 4, 9), c(5, 7, 10))
subject <- IRanges(c(2, 2, 10), c(2, 3, 12))
mm <- findOverlaps(query,subject)
ranges(mm,query,subject)
Ranges of length 3
    start end width
[1]     2   2     1
[2]     2   3     2
[3]    10  10     1