r - 以ggpairs(GGally)操作轴标题

我正在使用下面的代码来生成以下图表。

# Setup
data(airquality)

# Device start
png(filename = "example.png", units = "cm", width = 20, height = 14, res = 300)

# Define chart
pairs.chrt <- ggpairs(airquality,
                      lower = list(continuous = "smooth"),
                      diag = list(continuous = "blank"),
                      upper = list(continuous = "blank")) +
  theme(legend.position = "none",
        panel.grid.major = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title.x = element_text(angle = 180, vjust = 1, color = "black"),
        panel.border = element_rect(fill = NA))

# Device off and print
print(pairs.chrt)
dev.off()

我目前正在尝试修改轴标题的显示。我特别希望轴标题为：


与轴标签距离更远
倾斜放置


例如，我想获得与下图相似的轴标题（我只对轴标签感兴趣，而对其余图表不感兴趣）：

取自：Geovisualist

我尝试调整我的语法，将axis.title.x更改为不同的值，但无法产生所需的结果。例如，使用angle = 45运行代码。

axis.title.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, color = "black"),
            panel.border = element_rect(fill = NA))

返回相同的图表。例如，我可以通过更改axis.text.x来控制轴标签，但是在该图中找不到如何控制轴标题的答案。任何帮助都感激不尽。

最佳答案

简短答案：似乎没有一种优雅或简便的方法，但这是一种解决方法。

我钻入了ggpairs源代码（在 GGally package source available from CRAN中），以了解如何实际绘制变量标签。 ggpairs.R中的相关功能是print.ggpairs。事实证明，变量标签不是绘图矩阵的每个单元格中ggplot对象的一部分-即它们不是轴标题，这就是为什么使用theme(axis.title.x = element_text(angle = 45)或类似名称不会影响它们的原因。

相反，它们似乎使用grid.text（在'grid'包中）作为文本注释绘制。 grid.text使用x, y, hjust, vjust, rot（请参见rot）接受包括gpar（其中?grid.text是旋转角度）以及字体大小，字体系列等在内的参数，但看起来目前没有将这些参数的不同值传递给print.ggpairs的方法-它们固定为默认值。

您可以通过以下方法来解决此问题：首先将变量标签留空，然后使用print.ggpairs代码的相关部分进行修改，然后使用自定义的放置，旋转和样式添加它们。我想出了以下修改。 （顺便说一句，因为原始的GGally源代码是在GPL-3 license下发布的，所以此修改也是如此。）

customize.labels <- function(
  plotObj,
  varLabels = NULL, #vector of variable labels
  titleLabel = NULL, #string for title
  leftWidthProportion = 0.2, #if you changed these from default...
  bottomHeightProportion = 0.1, #when calling print(plotObj),...
  spacingProportion = 0.03, #then change them the same way here so labels will line up with plot matrix.
  left.opts = NULL, #see pattern in left.opts.default
  bottom.opts = NULL, #see pattern in bottom.opts.default
  title.opts = NULL) { #see pattern in title.opts.default

  require('grid')

  vplayout <- function(x, y) {
    viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)
  }

  numCol <- length(plotObj$columns)
  if (is.null(varLabels)) {
    varLabels <- colnames(plotObj$data)
    #default to using the column names of the data
  } else if (length(varLabels) != numCol){
    stop('Length of varLabels must be equal to the number of columns')
  }

  #set defaults for left margin label style
  left.opts.default <- list(x=0,
                            y=0.5,
                            rot=90,
                            just=c('centre', 'centre'), #first gives horizontal justification, second gives vertical
                            gp=list(fontsize=get.gpar('fontsize')))
  #set defaults for bottom margin label style
  bottom.opts.default <- list(x=0,
                              y=0.5,
                              rot=0,
                              just=c('centre', 'centre'),#first gives horizontal justification, second gives vertical
                              gp=list(fontsize=get.gpar('fontsize')))
  #set defaults for title text style
  title.opts.default <- list(x = 0.5,
                             y = 1,
                             just = c(.5,1),
                             gp=list(fontsize=15))

  #if opts not provided, go with defaults
  if (is.null(left.opts)) {
    left.opts <- left.opts.default
  } else{
    not.given <- names(left.opts.default)[!names(left.opts.default) %in%
                                            names(left.opts)]
if (length(not.given)>0){
  left.opts[not.given] <- left.opts.default[not.given]
}
  }

if (is.null(bottom.opts)) {
  bottom.opts <- bottom.opts.default
} else{
  not.given <- names(bottom.opts.default)[!names(bottom.opts.default) %in%
                                            names(bottom.opts)]
if (length(not.given)>0){
  bottom.opts[not.given] <- bottom.opts.default[not.given]
}
}

if (is.null(title.opts)) {
  title.opts <- title.opts.default
} else{
  not.given <- names(title.opts.default)[!names(title.opts.default) %in%
                                           names(title.opts)]
if (length(not.given)>0){
  title.opts[not.given] <- title.opts.default[not.given]
}
}

  showLabels <- TRUE
  viewPortWidths <- c(leftWidthProportion,
                      1,
                      rep(c(spacingProportion,1),
                          numCol - 1))
  viewPortHeights <- c(rep(c(1,
                             spacingProportion),
                           numCol - 1),
                       1,
                       bottomHeightProportion)

viewPortCount <- length(viewPortWidths)

if(!is.null(titleLabel)){
  pushViewport(viewport(height = unit(1,"npc") - unit(.4,"lines")))
  do.call('grid.text', c(title.opts[names(title.opts)!='gp'],
                         list(label=titleLabel,
                              gp=do.call('gpar',
                                      title.opts[['gp']]))))
  popViewport()
}

  # viewport for Left Names
  pushViewport(viewport(width=unit(1, "npc") - unit(2,"lines"),
                        height=unit(1, "npc") - unit(3, "lines")))

  ## new for axis spacingProportion
  pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
    viewPortCount, viewPortCount,
    widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights
  )))

  # Left Side
  for(i in 1:numCol){
    do.call('grid.text',
            c(left.opts[names(left.opts)!='gp'],
              list(label=varLabels[i],
                   vp = vplayout(as.numeric(i) * 2 - 1 ,1),
                   gp=do.call('gpar',
                           left.opts[['gp']]))))
  }
  popViewport()# layout
  popViewport()# spacing

  # viewport for Bottom Names
  pushViewport(viewport(width=unit(1, "npc") - unit(3,"lines"),
                        height=unit(1, "npc") - unit(2, "lines")))

  ## new for axis spacing
  pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
    viewPortCount, viewPortCount,
    widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights)))

  # Bottom Side
  for(i in 1:numCol){
    do.call('grid.text',
            c(bottom.opts[names(bottom.opts)!='gp'],
              list(label=varLabels[i],
                   vp = vplayout(2*numCol, 2*i),
                   gp=do.call('gpar',
                           bottom.opts[['gp']]))))
  }

  popViewport() #layout
  popViewport() #spacing
}

这是调用该函数的示例：

require('data.table')
require('GGally')
require('grid')
fake.data <- data.table(test.1=rnorm(50), #make some fake data for  demonstration
                        test.2=rnorm(50),
                        test.3=rnorm(50),
                        test.4=rnorm(50))

g <- ggpairs(data=fake.data,
             columnLabels=rep('', ncol(fake.data)))
#Set columnLabels to a vector of blank column labels
#so that original variable labels will be blank.
print(g)


customize.labels(plotObj=g,
                 titleLabel = 'Test plot', #string for title
                 left.opts = list(x=-0.5, #moves farther to the left, away from vertical axis
                                  y=0.5, #centered with respect to vertical axis
                                  just=c('center', 'center'),
                                  rot=90,
                                  gp=list(col='red',
                                          fontface='italic',
                                          fontsize=12)),
                 bottom.opts = list(x=0.5,
                                    y=0,
                                    rot=45, #angle the text at 45 degrees
                                    just=c('center', 'top'),
                                    gp=list(col='red',
                                            fontface='bold',
                                            fontsize=10)),
                 title.opts = list(gp=list(col='green',
                                           fontface='bold.italic'))
)

（这使标签非常丑陋-仅用于演示！）

我不打算将标签放置在左侧和底部以外的其他地方（如您的Geovisualist示例一样），但我认为您可以通过将“左侧”和“底部”中的参数更改为vplayout来实现。 customize.labels中的“ Side”代码。 x中的y和grid.text坐标是相对于视口定义的，视口将显示区域划分为网格

pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
        viewPortCount, viewPortCount,
        widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights
      )))

对vplayout的调用指定了使用网格的哪个单元格定位每个标签。

关于r - 以ggpairs(GGally)操作轴标题，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/28427572/