我正在尝试使用以下代码从通过biopython发布的查询中检索搜索结果
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
Entrez.email = "[email protected]"
LIM = 3
def search(Term):
handle = Entrez.esearch(db='pmc', term=Term, retmax=100000000)
record = Entrez.read(handle)
idlist = record["IdList"]
handle = Entrez.efetch(db='pmc', id=idlist, rettype="medline", retmode="text")
records = Medline.parse(handle)
return list(records)
mydic=search('(pathological conditions, signs and symptoms[MeSH Terms]) AND (pmc cc license[filter]) ')
print(len(mydic))
无论我尝试多少次，我都会得到10000的输出。尝试了不同的查询，但是我仍然得到10000。当我通过浏览器手动检查多少结果时，我得到了随机数。
到底出了什么问题？如何确保获得最佳结果？
最佳答案
您似乎只在更改esearch限制，但不理会efetch（NCBI似乎默认为10000）。您需要使用retstart和retmax参数。
参见《 Biopython教程》中的“使用历史记录搜索和下载摘要”，http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html或http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf
关于python - 固定数量的结果biopython，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/37121485/