r - R-组合冲积图

我一直想知道如何使用R中的数据框生成冲积图(例如使用ggalluvial包)

我有一个如下的数据框

   GENE UNTREATED TREATED
1    G1      FOUR    FOUR
2    G2      FOUR    FOUR
3    G3      FOUR    FOUR
4    G4      FOUR   THREE
5    G5     THREE    NONE
6    G6     THREE    NONE
7    G7       TWO   THREE
8    G8       TWO     ONE
9    G9       ONE     ONE
10  G10       TWO     ONE

我想用这些数据生成一个冲积图。例如，图中的2条柱将为未处理和已处理，并且连接将基于基因在治疗前后如何改变其值的比例。绝对有可能做到这一点，而我似乎并没有掌握冲积积积概念。任何帮助将不胜感激。

编辑:这是我制作的样例草图，情节看起来像



谢谢。

最佳答案

这似乎是你所追求的

dd<-read.table(text="   GENE UNTREATED TREATED
1    G1      FOUR    FOUR
2    G2      FOUR    FOUR
3    G3      FOUR    FOUR
4    G4      FOUR   THREE
5    G5     THREE    NONE
6    G6     THREE    NONE
7    G7       TWO   THREE
8    G8       TWO     ONE
9    G9       ONE     ONE
10  G10       TWO     ONE", header=TRUE)

ggplot(dd, aes(axis1=UNTREATED, axis2=TREATED)) +
  geom_alluvium() +
  geom_stratum(width = 1/12, fill = "black", color = "grey") +
  geom_label(stat = "stratum", label.strata = TRUE)