r - Packrat损坏R功能时出现问题

我安装了packrat软件包，也许只使用了一次，然后继续生活。

但是，尽管几个月后都没有加载它，但对于我的常规R使用来说仍然很麻烦。

似乎是随机的，我在RStudio中的R session 将失败，并在某些操作(尤其是软件包安装)上出错。这是最新的错误消息(运行parallel::makeCluster(parallel::detectCores())之后:



我检查了.libPaths()上的所有文件夹，甚至都没有安装packrat了。为什么R仍然在尝试执行packrat操作？我该如何阻止呢？

到目前为止，我的风管胶带解决方案是简单地关闭并重新打开RStudio，这对于解决软件包安装问题非常有用。

但是，我似乎无法在只有一个makeCluster(detectCores())脚本中解决.R的问题。在另一个项目的另一个脚本中，它工作得很好。

背景:

sessionInfo()
# R version 3.2.2 (2015-08-14)
# Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
# Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

# locale:
#  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8          LC_NUMERIC=C                  LC_TIME=en_US.UTF-8
#  [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8        LC_MONETARY=en_US.UTF-8       LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
#  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8          LC_NAME=en_US.UTF-8           LC_ADDRESS=en_US.UTF-8
# [10] LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8      LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8    LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8

# attached base packages:
# [1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

# other attached packages:
#  [1] doParallel_1.0.8 iterators_1.0.7  foreach_1.4.2    geosphere_1.4-3  xlsx_0.5.7       xlsxjars_0.6.1
#  [7] rJava_0.9-6      xtable_1.7-4     sandwich_2.3-3   texreg_1.35      maptools_0.8-36  sp_1.1-1
# [13] ggmap_2.5.2      ggplot2_1.0.1    data.table_1.9.5

# loaded via a namespace (and not attached):
#  [1] Rcpp_0.11.6         plyr_1.8.3          tools_3.2.2         digest_0.6.8        gtable_0.1.2
#  [6] lattice_0.20-33     png_0.1-7           mapproj_1.2-4       proto_0.3-10        stringr_1.0.0
# [11] RgoogleMaps_1.2.0.7 maps_2.3-11         grid_3.2.2          jpeg_0.1-8          foreign_0.8-66
# [16] RJSONIO_1.3-0       reshape2_1.4.1      magrittr_1.5        codetools_0.2-11    scales_0.2.5
# [21] MASS_7.3-43         colorspace_1.2-6    stringi_0.5-9003    munsell_0.4.2       chron_2.3-47
# [26] rjson_0.2.15        zoo_1.7-12

更新1:

安装packrat无效。运行packrat::init()在完成之前导致错误；没有改变。

更新2:

我通过确定是引起问题的工作目录来隔离问题。我正在使用的工作目录中的什么可能导致了问题？以前在此目录中运行过packrat会导致一些残留文件吗？

最佳答案

通过进一步的试验和给出@BondedDust产品的错误，我终于似乎解决了这个问题。尽管后来卸载了packrat，但以前曾尝试在我正在其中使用的特定工作目录中使用packrat似乎留下了一些痕迹。

特别是 packrat edits your local .Rprofile (由于@zerweck和@snaut而产生的原始信用)，在该目录中的R启动时为source() d。

如果使用.Rprofile存储一些本地配置，则应编辑该文件并删除packrat行(或任何您不认识的行)；否则，您应该删除该文件以使您的项目恢复到预期的状态。

关于r - Packrat损坏R功能时出现问题，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/32339042/