r - R S3方法未从 namespace 导出

为什么会有此错误消息:

> vegan::reorder.hclust
Error: 'reorder.hclust' is not an exported object from 'namespace:vegan'

虽然此S3方法非常可用。例如，如果我键入help(reorder.hclust, package = "vegan")，则会获得预期的帮助页面，并且vegan:::reorder.hclust在控制台上显示该函数的源代码...
另外我的NAMESPACE安装的vegan文件也包含S3method(reorder, hclust)。

我想在另一个包中使用此功能，如果我需要导入它或使用vegan::reorder.hclust

> sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=fr_BE.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=fr_BE.UTF-8
 [4] LC_COLLATE=fr_BE.UTF-8     LC_MONETARY=fr_BE.UTF-8    LC_MESSAGES=fr_BE.UTF-8
 [7] LC_PAPER=fr_BE.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=fr_BE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] MASS_7.3-49     compiler_3.4.3  Matrix_1.2-11   parallel_3.4.3  tools_3.4.3
 [6] mgcv_1.8-23     yaml_2.1.18     nlme_3.1-131.1  grid_3.4.3      permute_0.9-4
[11] vegan_2.4-6     cluster_2.0.6   lattice_0.20-35

最佳答案

您收到该错误，因为vegan不会导出该函数。它可以为未导出的内容提供帮助。使用三个冒号vegan:::reorder.hclust显示未导出的内部函数；通常您应该避免使用那些。

但是，在加载vegan包时，其reorder.hclust函数将被添加到reorder的方法表中。因此，您只需要确保已加载它即可，然后如果hc是hclust对象，则reorder(hc)将调用reorder.hclust方法。您可以通过将requireNamespace("vegan")放入代码中，或从NAMESPACE文件中的vegan导入内容来实现。

如果有两种reorder.hclust方法(由同时加载的不同软件包定义)，那么我认为除了使用vegan之外，没有一种简单的方法可以指定vegan:::reorder.hclust，而CRAN会反对这种方法。您可能需要让vegan维护者导出其功能，以便可以使用合法的vegan::reorder.hclust来访问它，或者将代码复制到自己的程序包中，或者采取其他一些不便的方法。