以下是一个名为AT5G60410.gff的大文件的示例:
Chr5 TAIR10 gene 24294890 24301147 . + . ID=AT5G60410;Note=protein_coding_gene;Name=AT5G60410
Chr5 TAIR10 mRNA 24294890 24301147 . + . ID=AT5G60410.1;Parent=AT5G60410;Name=AT5G60410.1;Index=1
Chr5 TAIR10 protein 24295226 24300671 . + . ID=AT5G60410.1-Protein;Name=AT5G60410.1;Derives_from=AT5G60410.1
Chr5 TAIR10 exon 24294890 24295035 . + . Parent=AT5G60410.1
Chr5 TAIR10 five_prime_UTR 24294890 24295035 . + . Parent=AT5G60410.1
Chr5 TAIR10 exon 24295134 24295249 . + . Parent=AT5G60410.1
Chr5 TAIR10 five_prime_UTR 24295134 24295225 . + . Parent=AT5G60410.1
Chr5 TAIR10 CDS 24295226 24295249 . + 0 Parent=AT5G60410.1,AT5G60410.1-Protein;
Chr5 TAIR10 exon 24295518 24295598 . + . Parent=AT5G60410.1
我在使用grep从中提取特定行时遇到了一些麻烦。我想提取第三列中指定的所有类型为“gene”或“exon”的行。当这不起作用时,我很惊讶:
grep 'gene|exon' AT5G60410.gff
没有结果返回。我哪里出问题了?
最佳答案
您需要转义|
。以下应该做的工作。
grep "gene\|exon" AT5G60410.gff