python - NetworkX:邻接矩阵不对应于图

假设我有两个用于生成网络的邻接矩阵的选项:nx.adjacency_matrix()和我自己的代码。我想测试代码的正确性，并提出了一些奇怪的不等式。

示例:3x3晶格网络。

import networkx as nx
N=3
G=nx.grid_2d_graph(N,N)
pos = dict( (n, n) for n in G.nodes() )
labels = dict( ((i,j), i + (N-1-j) * N ) for i, j in G.nodes() )
nx.relabel_nodes(G,labels,False)
inds=labels.keys()
vals=labels.values()
inds.sort()
vals.sort()
pos2=dict(zip(vals,inds))
plt.figure()
nx.draw_networkx(G, pos=pos2, with_labels=True, node_size = 200)

这是可视化效果:


带有nx.adjacency_matrix()的邻接矩阵:

B=nx.adjacency_matrix(G)
B1=B.todense()

[[0 0 0 0 0 1 0 0 1]
 [0 0 0 1 0 1 0 0 0]
 [0 0 0 1 0 1 0 1 1]
 [0 1 1 0 0 0 1 0 0]
 [0 0 0 0 0 0 0 1 1]
 [1 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 0 0 0 1 0]
 [0 0 1 0 1 0 1 0 0]
 [1 0 1 0 1 0 0 0 0]]

据此，节点0(整个第一行和整个第一列)连接到节点5和8。但是，如果您查看上面的图像，这是错误的，因为它连接到节点1和3。

现在，我的代码(将在与上面相同的脚本中运行):

import numpy
import math

P=3

def nodes_connected(i, j):
     try:
        if i in G.neighbors(j):
            return 1
     except nx.NetworkXError:
        return False

A=numpy.zeros((P*P,P*P))

for i in range(0,P*P,1):
    for j in range(0,P*P,1):

        if i not in G.nodes():
            A[i][:]=0
            A[:][i]=0
        elif i in G.nodes():
            A[i][j]=nodes_connected(i,j)
                A[j][i]=A[i][j]

for i in range(0,P*P,1):
    for j in range(0,P*P,1):
            if math.isnan(A[i][j]):
                A[i][j]=0

print(A)

这将产生:

[[ 0.  1.  0.  1.  0.  0.  0.  0.  0.]
 [ 1.  0.  1.  0.  1.  0.  0.  0.  0.]
 [ 0.  1.  0.  0.  0.  1.  0.  0.  0.]
 [ 1.  0.  0.  0.  1.  0.  1.  0.  0.]
 [ 0.  1.  0.  1.  0.  1.  0.  1.  0.]
 [ 0.  0.  1.  0.  1.  0.  0.  0.  1.]
 [ 0.  0.  0.  1.  0.  0.  0.  1.  0.]
 [ 0.  0.  0.  0.  1.  0.  1.  0.  1.]
 [ 0.  0.  0.  0.  0.  1.  0.  1.  0.]]

表示节点0已连接到节点1和3。 为什么存在这种差异？在这种情况下怎么了？

最佳答案

Networkx不知道您希望节点按照什么顺序排列。

调用方法如下:adjacency_matrix(G, nodelist=None, weight='weight')。

如果要特定顺序，请将nodelist设置为该顺序的列表。
因此，例如adjacency_matrix(G, nodelist=range(9))应该可以得到您想要的。

为什么是这样？好吧，因为图几乎可以将任何事物作为其节点(任何可哈希的事物)。您的节点之一可能是"parrot"或(1,2)。因此，它将节点存储为字典中的键，而不是假设它是从0开始的非负整数。Dict键have an arbitrary order。

关于python - NetworkX:邻接矩阵不对应于图，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/37329971/