python - 使用Python脚本制作带有染色体信息的基本文件

我正在尝试制作一些.bed文件进行遗传分析。我是python初学者。我要制作的文件应为3列，用制表符分隔，第一列始终相同（染色体数），第二和第三列窗口的大小为200，从零开始，在染色体末尾结束。例如：

chr20 0 200
chr20 200 400
chr20 400 600
chr20 600 800
...

我有染色体的大小，所以现在我要说的是'第2列

output = open('/homw/genotyping/wholegenome/Chr20.bed', 'rw')

column2 = 0
column1 = 0
while column2 < 55268282:
    for line in output:
        column1 = column1 + 0
        column2 = column2 + 100

        print output >> "chr20" + '\t' + str(column1) + '\t' + str(column2)

如果任何人都可以修复此简单脚本，使其能够按照我的描述进行操作，或者编写一个更好的解决方案，将不胜感激。我考虑制作一个脚本，该脚本可以输出20条染色体和chrX的所有文件，但是由于我需要指定染色体的大小，我认为必须分别处理每个文件。

提前致谢！

最佳答案

这个怎么样：

step = 200 # change values by this amount
with open('Chr20.bed', 'w') as outfp:
   for val in range(0, 1000, step):  #increment by step, max value 1000
      outfp.write('{0}\t{1:d}\t{2:d}\n'.format('chr20', val, val+step))

根据要求提供制表符分隔的输出

chr20   0   200
chr20   200 400
chr20   400 600
chr20   600 800
chr20   800 1000

注意：完成操作或遇到异常时，使用with将自动为您关闭文件。

如果您感到好奇，这将提供有关.format()函数的更多信息。

关于python - 使用Python脚本制作带有染色体信息的基本文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/10968077/